[发明专利]用于分离结合至任何类型的目的核酸序列的蛋白质的方法

权利要求书

1.一种用于分离与任何类型的目标核酸序列(目的序列：SoI)结合的蛋白质的方法，其中

-在第一步骤中，将形成三螺旋的标签序列(TFT序列)引入活细胞的所述核酸序列中，并培养所述活细胞；

-在第二步骤中，收集步骤1中获得的细胞，并在允许形成核酸三螺旋的条件下将其与特异于引入的TFT序列的分子探针(TFO探针)混合；

-在第三步骤中，分离第二步骤中形成的核酸三螺旋，并分析结合的蛋白质。

2.权利要求1的任一项的方法，其中所述目标核酸序列为基因组核酸，优选基因组DNA或附加型DNA。

3.权利要求1或2的任一项的方法，其中所述形成三螺旋的标签序列(TFT序列)为可用作标签的任何核酸序列。

4.权利要求3的方法，其中所述TFT序列为通常不存在于所述SoI所存在的核酸序列中的序列。

5.权利要求1至4的任一项的方法，其中所述TFT序列为多聚嘧啶-多聚嘌呤序列。

6.权利要求1至5的任一项的方法，其中所述TFT序列为短的形成三螺旋的标签序列(TFT序列)，其具有10至50个碱基对，优选15至35个碱基对，非常优选约20个碱基对的长度。

7.权利要求1至6的任一项的方法，其中在收获步骤1中获得的细胞时并且在与TFO探针混合之前，在步骤2中进行细胞碎裂的另外步骤。

8.权利要求1至7的任一项的方法，其中在添加TFO探针之前进行纯化或分离细胞的细胞核的另外步骤。

9.权利要求1至8的任一项的方法，其中添加结合至核酸的蛋白质的交联步骤。

10.权利要求9的方法，其中紧在步骤1之后、在收集步骤之前添加交联步骤。

11.权利要求9的方法，其中紧在细胞收集之后、紧在添加TFO探针之前，在步骤2中添加交联步骤。

12.权利要求9至11的任一项的方法，其中按照选自下述的任何方法进行交联步骤：UV光交联、甲醛交联技术、六价铬、二甲基己二酸(DMA)；二琥珀酰亚胺基辛二酸酯(D88)；二硫代双[琥珀酰亚胺基丙酸酯](D8P)；乙二醇双[琥珀酰亚胺基琥珀酸酯](EG8)，优选使用体内甲醛交联技术。

13.权利要求1至12的任一项的方法，其中进行细胞裂解的另外步骤。

14.权利要求13的方法，其中当按照权利要求1至8的方法不进行交联步骤时，在所述方法的第二步骤中在收集细胞后添加细胞裂解步骤。

15.权利要求13的方法，其中当按照权利要求9至12的方法进行交联步骤时，在交联步骤之前或之后，优选在交联步骤之前，没有差别地添加细胞裂解步骤。

16.权利要求1至15的任一项的方法，其中所述TFO探针是单独的或与提高其效率的其它元件组合的、与插入的TFT互补的任何核酸序列。

17.权利要求1至16的任一项的方法，其中所述TFO探针是包含与正常DNA核苷酸混合的锁核酸(LNA)核苷酸的核酸序列。

18.权利要求1至17的任一项的方法，其中在所述TFO中，胞嘧啶被5-甲基胞嘧啶替代。

19.权利要求1至18的任一项的方法，其中所述TFO在其3'或5'-末端上包含由任何芳香环结构组成的用作嵌入剂的化合物，优选光活化嵌入剂例如补骨脂素、吖啶、溴乙啶、黄连素、原黄素、道诺霉素、多柔比星、沙立度胺、奎纳克林或邻二氮菲。

20.权利要求1至19的任一项的方法，其中所述TFO为包含与正常核苷酸混合的锁核酸(LNA)核苷酸的核酸序列，其在其3'或5'-末端上包含由芳香环结构组成的化合物，优选嵌入剂，并且其中胞嘧啶被5-甲基胞嘧啶替代。

21.权利要求1至19的任一项的方法，其中在所述TFO探针中，在其3'或5'-末端上具有芳香环结构的探针在其相对的末端(3'或5'末端)上通过接头连接至可被相应捕获钩特异性捕获的捕获柄。

22.权利要求21的方法，其中所述接头是可具有1至300个碳原子，优选100至200个，最优选110至130个碳原子的长度的碳间隔子。