[发明专利]选择甲基化标记的方法

权利要求书

1.一种汇编位于生物基因组DNA内的靶标DNA序列组以诊断和鉴定生物样品曾经历的事件和/或与组织和/或细胞种类或来源相关联的方法，所述方法包含选择具有甲基化状态的DNA序列，所述甲基化状态在某些样品中根据样品不同而变化但是不仅仅确诊生物样品曾经历的单个事件或组织和/或细胞种类或来源。

2.一种汇编位于生物基因组DNA内的靶标DNA序列组以诊断和鉴定组织和/或细胞种类或来源的方法，所述方法包含

(i)从两种或多种已知不同种类或来源的细胞样品中分离DNA；

(ii)鉴定从各样品分离的DNA内能甲基化的基因座的甲基化状态；

(iii)比较来自各样品分离的DNA的甲基化状态；和

(iv)选择具有以下特征的基因座亚组，所述亚组的特征在于：具有在某些样品中随样品不同但不仅仅确诊单个种类或来源的基因座甲基化状态。

3.一种鉴定DNA基因座组（惹激前哨）以鉴别非典型生长条件（惹激）的方法，所述方法包含步骤：

(i)在对照生长条件下培养感兴趣的细胞样品；

(ii)存在至少一种非典型生长条件的环境中，培养至少一种与步骤(i)所述相同的感兴趣细胞样品；

(iii)从步骤(i)和(ii)的各细胞样品中分离DNA；

(iv)鉴定步骤(iii)中分离的DNA内能甲基化的基因座的甲基化状态；

(v)比较来自步骤(i)和(ii)中分离的DNA的甲基化状态；

(vi)选择具有以下特征的基因座亚组，所述亚组的特征在于：步骤(ii)中分离的DNA中这些基因座的甲基化状态不同于步骤(i)中分离的DNA，并且所述亚组中每个基因座响应某些非典型生长条件而不响应其他条件而改变甲基化状态。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所选基因座亚组的甲基化状态共同诊断(i)未用于选择基因座的非典型生长条件和/或组织/细胞类型和/或其组合;和(ii)选择基因座所用的非典型生长条件和/或组织/细胞类型和/或其组合。

5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包含使用至少约2、至少约3、至少约4、至少约5、至少约6、至少约7、至少约8、至少约9、至少约10、至少约15、至少约20、至少约30、至少约40、至少约50、或更多种不同的惹激、组织类型或细胞类型来选择基因座亚组。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述基因座亚组中的每个基因座或每个选定DNA序列有一个或多个，例如两个或多个，三个或多个，四个或多个，五个或多个，六个或多个，七个或八个下列特性，

(i)对相同惹激再现性地以相同方式或以与相同来源生物相同组织类型相关联的方式改变甲基化状态；

(ii)在相同时间取自相同个体相同组织的重复样品之间，甲基化的状态没有变化或优选小于约20%的变化；

(iii)产生易检测的与不同的惹激状态或细胞和/或组织种类或来源相关联的定性甲基化改变；

(iv)产生易检测的与不同的惹激状态或细胞和/或组织种类或来源相关联的显著定量甲基化改变；

(v)响应某些惹激而不响应其他惹激而改变甲基化状态(优选对15-85%惹激改变，更优选25-75%惹激和最优选40-60%惹激)；

(vi)包括优选代表大部分或最好全部(a)生物应激反应通路或(b)细胞和/或组织类型的基于甲基化的基因座；

(vii)根据生物的各个组织/器官类型分别组合；

(viii)在不同组织/发育阶段之间不变或优选小于约10%变化，除非仅仅意在用于特定的组织、器官或发育阶段。

7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述基因座亚组中的每个基因座或每个选定DNA序列互补地区别性存在于大致一半的用于选择基因座的惹激或样品来源中。