[发明专利]通过包括嵌入物分子的探针捕获目标DNA和RNA

权利要求书

1.一种从样品中捕获目标多核苷酸的方法，包括以下步骤：

i)从目标多核苷酸中去除一种或多种类型的碱基A、T、U、C或G、5-羟甲基脱氧胞苷、5-甲基胞嘧啶(m⁵C)、假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷(I)、7-甲基鸟苷(M⁷G)、次黄嘌呤、黄嘌呤以及它们的2'-O-甲基衍生物和/或N-甲基衍生物，从而生成一个或多个脱碱基位点，和

ii)用包括一个或多个嵌入物分子的互补探针捕获所述目标多核苷酸，所述嵌入物分子插入到多核苷酸探针的骨架结构中且所述一个或多个嵌入物分子与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配；

其中所述目标多核苷酸可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述目标多核苷酸可由选自以下的核苷酸制成：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、锁核酸、肽核酸、吗啉寡聚体，苏糖核酸、甘油核酸、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA,5-表二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。

2.根据权利要求1所述的方法，捕获单链目标DNA包括以下步骤：

(i)提供双链目标多核苷酸，其可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，如DNA；

(ii)通过去除所述双链目标多核苷酸如DNA中一种或多种类型的碱基使所述双链目标多核苷酸如DNA不稳定，从而生成一个或多个脱碱基位点；

(iii)使所述不稳定的双链目标多核苷酸如DNA变性成单链目标多核苷酸如DNA，和

(iv)用互补多核苷酸探针如DNA探针捕获所述单链目标多核苷酸如DNA，所述互补多核苷酸探针包括一个或多个嵌入物分子，其插入到多核苷酸探针的骨架结构中且与互补多核苷酸目标序列的一个或多个脱碱基位点形态上相配。

3.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述互补探针由多核苷酸制成，所述多核苷酸可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物，因此所述互补探针可由选自以下的核苷酸制成：RNA、α-L-RNA、β-D-RNA、2’-R-RNA、DNA、锁核酸、肽核酸、吗啉寡聚体，苏糖核酸、甘油核酸、寡核苷酸N3’→P5’氨基磷酸酯、BNA、α-L-LNA、HNA、MNA、ANA、CAN、INA、CeNA、(2’-NH)-TNA、(3’-NH)-TNA、α-L-核糖-LNA、α-L-木-LNA、β-D-核糖-LNA、β-D-木-LNA、[3.2.1]-LNA、二环-DNA、6-氨基-二环-DNA,5-表二环-DNA、α-二环-DNA、三环-DNA、二环[4.3.0]-DNA、二环[3.2.1]-DNA、二环[4.3.0]氨酰DNA、β-D-吡喃核糖基-NA、α-L-来苏糖基-NA、2’-OR-RNA、2’-AE-RNA、及它们的结合物和修饰物。

4.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括一个或多个洗涤步骤以去除未结合的核苷酸材料，所述核苷酸材料可是由天然存在的核苷酸制成，或者可由自然界中未知的核苷酸制成，或它们的任何混合物。

5.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括将双链目标多核苷酸中的一种或多种类型的碱基转换成另一化学实体。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述方法进一步包括通过去除所述双链目标多核苷酸中的一个或多个化学实体使所述双链目标多核苷酸不稳定。

7.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述方法进一步包括目标多核苷酸中的一个或多个C转换成一个或多个U。