[发明专利]核酸模板的分类

权利要求书

1.一种用于鉴定修饰的方法，所述方法包括：

a)提供包含所述修饰的模板核酸；

b)将其它修饰引入所述模板核酸；

c)提供能够加工所述模板核酸的酶；

d)使所述模板核酸与所述酶接触；

e)监测所述酶对所述模板核酸的加工；和

f)检测加工过程中的变化，其中所述变化指示所述其它修饰，从而鉴定所述修饰。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述修饰选自：甲基化的碱基、羟甲基化的碱基、HOMedU、β-D-葡萄糖基-HOMedU、胞嘧啶-5-亚甲基磺酸盐、假尿苷碱基、7,8-二氢-8-氧代鸟嘌呤碱基、2’-O-甲基衍生物碱基、缺口、脱嘌呤位点、脱嘧啶位点、嘧啶二聚体、顺式模板交联产物、氧化损伤、水解损伤、大碱基加合物、胸腺嘧啶二聚体、光化学反应产物、链间交联产物、错配碱基、二级结构和结合剂。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述模板核酸包含单链部分和双链部分。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述双链部分是所述模板核酸的2个单独部分之间的互补性的结果。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述模板核酸包含含有所述修饰的第一多核苷酸区域和与所述第一多核苷酸区域互补的第二多核苷酸区域，其中所述第一多核苷酸区域和所述第二多核苷酸区域是在所述模板核酸的单条链上。

6.根据权利要求1所述的方法，其中在所述接触之前，对所述模板核酸进行处理，以导入所述其它修饰。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述处理包括暴露于选自下述的修饰剂：糖基化酶、亚硫酸氢盐、DMS、胞嘧啶甲基转移酶、羟化酶、限制性酶、葡萄糖基转移酶、NMIA、CDI和胞苷脱氨酶。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述修饰剂是亚硫酸氢盐，且所述处理导致所述模板核酸中的5-hmC转化为CMS。

9.根据权利要求6所述的方法，其中所述处理包括将糖部分添加给包含所述修饰的核苷碱基，其中所述加工中的变化大于在没有所述糖部分存在时。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述核苷碱基是羟甲基胞嘧啶核苷碱基，其通过所述糖部分的添加而转化成β-葡萄糖基-5-羟甲基胞嘧啶。

11.根据权利要求9所述的方法，其中在所述核苷碱基和所述糖部分之间形成α连接。

12.根据权利要求9所述的方法，其中在所述核苷碱基和所述糖部分之间形成β连接。

13.根据权利要求6所述的方法，其中所述处理包括用所述其它修饰替换所述修饰。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述修饰是甲基化的碱基，且所述其它修饰是芘类似物。

15.根据权利要求1所述的方法，其中所述模板核酸是环形核酸。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述加工是新生核酸链的滚环合成。

17.根据权利要求1所述的方法，其中所述模板核酸是RNA或DNA分子。

18.根据权利要求1所述的方法，其中所述酶是聚合酶。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述聚合酶选自：DNA聚合酶、RNA聚合酶、逆转录酶和它们的衍生物。

20.根据权利要求18所述的方法，其中所述聚合酶是包含至少一个选自以下位点的突变的Φ29聚合酶：K392、K422、I93、M188、K392、V399、T421、K422；S95、Y101、M102；Q99、L123、K124、T189、A190；G191、S388；P127、L384、N387、S388；和L389、Y390、和G391。

21.根据权利要求18所述的方法，其中所述聚合酶显示出链置换活性。

22.根据权利要求1所述的方法，其中所述加工导致新生核酸链的合成。

23.根据权利要求1所述的方法，其中所述加工是单分子测序反应。