[发明专利]ncRNA及其用途

说明书

本申请要求于2010年11月19日提交的临时申请61/415,490的优先权，该临时申请整体以引用方式并入本文。

关于联邦资助研发项目的声明

本发明根据美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)授予的CA069568、CA132874和CA111275以及美国陆军医学研究和物资司令部(Army Medical Research and Material Command)授予的W81XWH-09-2-0014在政府支持下完成。政府享有本发明的某些权利。

发明领域

本发明涉及用于癌症诊断、研究和治疗的组合物和方法，包括但不限于癌症标志物。具体地讲，本发明涉及作为前列腺癌、肺癌、乳腺癌和胰腺癌的诊断标志物和临床靶标的ncRNA。

发明背景

癌症研究的一个中心目标是识别与癌发生存在因果关系的改变的基因。已识别出了多种类型的体细胞突变，包括碱基置换、插入、缺失、易位以及染色体获得和丢失，所有这些都会导致致癌基因或肿瘤抑制基因的活性改变。在20世纪早期首先提出假设，现在已经存在有说服力的证据表明染色体重排在癌症中的因果作用(Rowley, Nat Rev Cancer 1: 245 (2001))。经常性染色体畸变被认为主要为白血病、淋巴瘤和肉瘤所特有。更为常见并且造成与人癌症相关的发病率和死亡率的相对大比例的上皮瘤（癌）包含低于1%的已知、疾病特异性的染色体重排(Mitelman, Mutat Res 462: 247 (2000))。虽然血液恶性肿瘤的特征通常在于平衡的、疾病特异性的染色体重排，但是大部分实体瘤都具有过多的非特异性染色体畸变。据认为，实体瘤的核型复杂性是由于通过癌演化或进展获得的继发改变而造成。

染色体重排的两种主要机制已有描述。在一种机制中，邻近原癌基因的一个基因的启动子/增强子元件发生重排，从而导致原癌蛋白的表达改变。这种类型的易位的示例为免疫球蛋白(IG)和T细胞受体(TCR)基因与MYC并置，从而分别导致B细胞和T细胞恶性肿瘤中该致癌基因的活化(Rabbitts, Nature 372: 143 (1994))。在第二种机制中，重排导致两种基因的融合，其产生可具有新功能或改变的活性的融合蛋白。此易位的原型实例为慢性骨髓性白血病(CML)中的BCR-ABL基因融合(Rowley, Nature 243: 290 (1973); de Klein等, Nature 300: 765 (1982))。重要的是，此发现导致了合理地开发甲磺酸伊马替尼（格列卫(Gleevec)），其成功地靶向了BCR-ABL激酶(Deininger等, Blood 105: 2640 (2005))。因此，需要特异性识别上皮瘤的诊断方法。

发明概要

本发明涉及用于癌症诊断、研究和治疗的组合物和方法，包括但不限于癌症标志物。具体地讲，本发明涉及作为前列腺癌、肺癌、乳腺癌和胰腺癌的诊断标志物和临床靶标的ncRNA。

本发明的实施方案提供可用于检测和筛查前列腺癌的组合物、试剂盒和方法。在本发明实施方案的开发过程中进行的实验识别出了前列腺癌中非编码RNA的上调。本发明的一些实施方案提供用于检测此类ncRNA的表达水平的组合物和方法。ncRNA的识别可用于筛查、诊断和研究用途。