[发明专利]用于诊断泌尿生殖感染性疾病的DNA芯片

说明书

技术领域

本公开内容涉及用于诊断生殖泌尿感染的DNA芯片，并且更特别地涉及用于诊断生殖泌尿感染的DNA芯片，其上固定有用于检测14种生殖泌尿感染病原体的寡核苷酸探针。

背景技术

常规地，多种方法(包括通过涂片和染色的显微镜测试、细菌培养、抗生素易感性测试、抗原-抗体测试和免疫学测定)用于诊断感染性疾病。然而，这样的常规诊断方法具有局限性。常规方法对于相当多数量的特定细菌物种是不方便或者不相容的，且耗时、导致高成本和更多的人力，且单个测定仅分析有限数目的临床标本。此外，这样的方法大多通过单个测试仅对应于一种病原体，且包括非自动化的结果读取过程，这阻碍用于临床使用的应用。所述方法需要活细菌作为目标样品，因此在对所述细菌进行测试之前应当保持细菌的活力，这需要在样品处理和运输中仔细地操作，并因此提高了成本。

为解决这些缺点，近年来已经针对感染性疾病诊断实行了分子遗传学分析，并已经迅速替代了常规的方法。特别地，通过使用DNA微阵列或者DNA芯片对多个样品的自动化测定进行基因分析的感染诊断吸引了更多的关注，其提供了比常规感染诊断方法更多的优势，并且已经越来越多地用作对常规方法的辅助或者替代测定方法。遗传学诊断方法可以通过DNA和RNA测序测定来准确地鉴定目标细菌的主要类型和亚型，并且还可适合于死细菌，因此消除了对困难的样品制备和运输过程的任何需要。遗传学诊断方法包括通过聚合酶链反应(PCR)的目标基因扩增，并因此可以以高灵敏度诊断甚至痕量的样品。遗传学诊断方法还具有高特异性和高再现性。多数遗传学诊断方法在24小时内迅速提供准确的结果，并需要更少的人力和更低的成本。此外，使用DNA芯片的遗传学诊断使得多个样品的高通量分析成为可能。

多重PCR方法(其中在单个测试管中进行多个聚合酶链反应)已被开发并广泛地用于诊断细菌感染(McNulty et al.，Sex.Transm.Infec.，80：207，2004)。

生殖泌尿感染性疾病是最常见的细菌感染性疾病之一(第二最常见，仅次于呼吸道感染)，且每年约7800万至3.3亿人被诊断为患有生殖泌尿感染的新患者(Lee et al.，J.Microbiol.，45：453，2007)。这些感染性疾病中的一些为性病，其在韩国在法律上指定为应全国性法定传染病(类别III)，其可能间歇地流行，因此需要持续的发病率监测和针对它们的预防性措施。特别地，性病处于哨点监测之下。过去，该疾病是指通过性或者性接触作为媒介的特定疾病。然而，因为发现很多种疾病通过性或者性接触作为媒介，所以具有普遍含义的通称“性传播疾病(，sexually transmitted disease，STD)”已经用来代替具有局限含义的术语“性病”。

STD是通称，是指任何通过性或者性接触作为媒介的疾病。引起STD的病原体细菌包括：淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhea)(其引起男性中的尿道炎、前列腺炎或者附睾炎，以及女性中的子宫颈炎、阴道炎或者盆腔炎性疾病)；沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)；解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum)；生殖支原体(Mycoplasma genitalium)；人型支原体(Mycoplasma hominis)；阴道毛滴虫(Trichomonas vaginalis)；单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus)；苍白密螺旋体(Treponema pallidum)、单纯疱疹病毒和杜克雷嗜血杆菌(Haemophilus ducreyi)(其引起外生殖器溃疡)；以及人乳头瘤病毒(，human papilloma virus，HPV)(其引起外生殖器疣、子宫颈癌、肛门癌或者阴茎癌)。除了引起STD的这些细菌，不引起STD但引起STD样症状(如阴道炎)并因此需要鉴定/检测的那些细菌有大肠杆菌(Escherichia coli)、阴道加德纳菌(Gardnerella vaginalis)和真菌白色念珠菌(Candida albicans)。

据报道，在美国每年1500人新感染STD，且6500万或者更多人感染病毒性STD。尽管如此高的发病率，但多数生殖泌尿感染仍未被识别和未被治疗，因为它们是无症状的，但是可能发展到引起并发症(如前列腺炎、附睾炎、免疫缺陷和癌症)。特别地，对于多数病毒性STD还未发现有效的治疗。因此，STD的准确诊断和预防是最重要的。此外，发现和治疗无症状患者并预防感染的扩散也是重要的(Campbell-Walsh Urology,2007)。