[发明专利]一种字符串匹配的方法及装置

权利要求书

1.一种字符串匹配的方法，其特征在于，包括以下步骤：

为获得的多个待匹配字符串分配不同的标识，其中一个待匹配字符串中的每个字符均对应该待匹配字符串的标识；

并行处理所述多个待匹配字符串，并针对每个待匹配字符串的每一个字符，依据BWT搜索算法，以前一个字符的坐标为起始位置与BWT空间中的目标字符串进行匹配，并在字符匹配成功时获得当前字符的坐标；

依据待匹配字符串的标识，将当前获得的字符的坐标合并到对应的待匹配字符串的匹配路径中；

当一个待匹配字符串中所有字符的坐标均合并时，确定该待匹配字符串与目标字符串匹配成功。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，针对多个待匹配字符串中每个待匹配字符串的第一个字符，其前一个字符的坐标是初始设置的。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，针对多个待匹配字符串中每个待匹配字符串的每一个字符，依据BWT搜索算法，以前一个字符的坐标为起始位置与BWT空间中的目标字符串进行匹配，并在字符匹配成功时获得当前字符的坐标，具体包括：

在以前一个字符的坐标为起始位置要进行匹配时，针对当前字符分配字符标识，并依据前一个字符的坐标对当前字符分别进行k和l的计算，利用当前字符的字符标识将k和l的计算结果合并得到当前字符的坐标，其中，同一字符串中的不同字符对应不同的标识，其中k和1分别是BWT空间中后缀数组间隔的开始位置和结束位置。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括步骤：若在字符匹配过程中匹配不成功，则分别针对错配，插入和缺失三种情况，根据与该三种情况对应的匹配策略，将当前字符继续与BWT空间中的目标字符串进行匹配。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，分别针对错配，插入和缺失三种情况将当前字符继续与BWT空间中的目标字符串进行匹配之前，还包括步骤：更新匹配不成功的罚分，并判断当前的罚分是否达到预设的门限值；

若未达到门限值，则分别针对错配，插入和缺失三种情况继续与BWT空间中的目标字符串进行匹配。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，在将待匹配字符串与BWT空间中的目标字符串进行匹配之前，还包括步骤：将待匹配字符串与BWT空间中的目标字符串进行初配，得到包括多个初配结果段；

在当前的罚分未达到门限值时，还包括步骤：在BWT空间中确定字符当前匹配不成功的位置后存在的初配结果段的段数，并将确定的段数与预设的门限值比较；

当段数大于预设门限值时，终止该待匹配字符串的匹配；

当段数等于预设门限值时，根据当前位置后续的初配结果段从BWT空间的所有可能的查询路径中删除相应的查询路径，从剩余查询路径中继续匹配；

当段数小于预设门限时，则在BWT空间的所有可能路径上继续匹配。

7.一种可编程逻辑装置，其特征在于，包括：

查询控制模块，用于为获得的多个待匹配字符串分配不同的标识，以及将待匹配字符串以字符为单位发送给匹配模块，并将该字符对应的标识发送给合并模块，其中一个待匹配字符串中的每个字符均对应该待匹配字符串的标识；

匹配模块，用于并行处理所述多个待匹配字符串，并针对每个待匹配字符串的每一个字符，依据BWT搜索算法，以前一个字符的坐标为起始位置与BWT空间中的目标字符串进行匹配，并在字符匹配成功时获得当前字符的坐标，并输出给合并模块；

合并模块，用于依据待匹配字符串的标识，将当前获得的字符的坐标合并到对应的待匹配字符串的匹配路径中，并将合并后的匹配路径输出给遍历模块；

遍历模块，用于当一个待匹配字符串中所有字符的坐标均合并时，确定该待匹配字符串与目标字符串匹配成功。

8.如权利要求7所述的装置，其特征在于，还包括：缓存模块，用于存储初始设置的坐标和获得的多个待匹配字符串。

9.如权利要求7所述的装置，其特征在于，针对多个待匹配字符串中每个待匹配字符串的第一个字符，前一个字符的坐标是初始设置的。