[发明专利]筛选肿瘤早期诊断靶标的Small RNA-Seq库的构建方法在审
申请号: | 201210041472.2 | 申请日: | 2012-02-23 |
公开(公告)号: | CN102586892A | 公开(公告)日: | 2012-07-18 |
发明(设计)人: | 李春燕;董恩成;刘珍珍;吕雪梅;吴仲义 | 申请(专利权)人: | 中国科学院北京基因组研究所 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12N15/10;C12Q1/68 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 100029 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 筛选 肿瘤 早期 诊断 靶标 small rna seq 构建 方法 | ||
1.一种针对单一个体的小量血样构建二代测序Small RNA-Seq库的方法,其特征在于,该方法包括如下步骤:
步骤1).血浆分离操作:
对新鲜血液样本,利用冷冻离心机,4℃从血液内分两步分离血浆,第一步:400g~600g离心8~15分钟,收集上清以去除血细胞;第二步:1500g~2000g离心8~15分钟,收集上清以充分去除细胞碎片;
步骤2).总RNA提取取;
对步骤1所获得的血浆样本,使用TRIZOL抽提3-4次以去除蛋白,抽提完成后加入异丙醇和肝糖,-80℃沉淀过夜,乙醇洗涤沉淀后用无核酸酶污染的双蒸水重悬沉淀,并进一步浓缩该RNA溶液;
步骤3).3’adapter和5’adapter连接:
3’adapter连接:在步骤2)获得的总RNA中加入热激后的3’Adapter和连接试剂,于PCR仪上孵育连接;
在连按反应获得的溶液中加入RTprimer,于PCR仪上孵育;
5’adapter连接:热激后的5’Adapter与上步反应获得的溶液混匀加入相应的连接试剂,置于PCR仪上,孵育连接;
利用RNA浓缩法去除溶液中的连接缓冲液、多余的盐离子等,得到与5’和3’Adapter连接的RNA;
步骤4).反转录合成cDNA与PCR扩增:
反转录:在PCR管中加入来自步骤3)与5和3’Adapter连接的RNA和相应的反转录试剂,混匀,置于PCR仪上,孵育获得cDNA片段,并用PCR扩增所获得的DNA片段
步骤5).电泳及胶回收:
使用TBE-PAGE胶电泳上述步骤4)获得的DNA片段,将片段大小在140bp左右的DNA片段切下,并回收其中的DNA,获得的DNA片段即可用于目的样本中的samll RNA的建库与进一步的检测分析。
2.根据权利要求1所述的制备方法,其特征在于,步骤1)所述的血液样本为来源于单一个体的8ml新鲜血液样本,每8ml样本可分离的血浆量为4ml。
3.根所权利要求1-2任一所述的制备方法,其特征在于,步骤2)所述的TRIZOL抽提步骤为:对血浆样本加入相应体积的TRIZOL,混匀后静置,然后加入氯仿,混匀后静置,离心分离上清;经浓缩后,每4ml步骤1)所获得的血浆最终浓缩为4.6μl RNA溶液。
4.根据权利要求1-3任一所述的制备方法,其特征在于,步骤3)所述3’Adapter连接时,来自步骤2)的4.6μl总RNA中加入1μl浓度为0.25nM的3’Adapter,使用PCR仪孵育,温度22℃,时间2h;步骤3)所述加入RT primer后的孵育步骤是:70℃5min,37℃30min,25℃15min;步骤3)所述的5’Adapter连接时,向之前获得的连接溶液中加入1μl浓度为0.25nM的5Adapter,使用PCR仪孵育,温度20℃,时间1h。
5.根所权利要求1-4任一所述的制备方法,其特征在于,步骤4)中所述的PCR反应步骤是:PCR仪首先预热至65℃以上,首先95℃,5min;然后95℃10s、60℃30s、72℃30s循环18次;最后72℃孵育10min。
6.权利要求1-5任一所述的建库方法用于制备针对特异性疾病的诊断试剂盒的应用。
7.由权利要求1-5任一所述的建库方法获得的针对特异性疾病的诊断试剂盒。
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