[发明专利]CPT1A基因或蛋白的定量检测在食管鳞癌预后判断中的应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学、临床预后判断领域，具体涉及CPT1A基因的拷贝数或蛋白表达水平在食管鳞癌预后判断中的应用。本发明还涉及CPT1A基因拷贝数和蛋白表达水平的检测方法。

背景技术

食管鳞状细胞癌简称食管鳞癌，是人类常见的消化道恶性肿瘤之一。食管组织细胞在一些生物、物理、化学及其他因素刺激下异常增生直至癌变为食管鳞癌的病理特点，进行性吞咽困难是其主要临床表现。食管鳞癌的发病机制目前尚不清楚。

全球每年新增病例超过45万，死亡病例超过38万。值得注意的是，中国依然是食管鳞癌的高发地区。2006年全国第三次死因回顾抽样人口调查资料显示：中国食管鳞癌高发县标准化死亡率在10.34/10万-78.32/10万之间，占全部恶性肿瘤死亡的11.69％-42.61％。男女年龄调整死亡率合计为15.78/10万，均居恶性肿瘤死亡顺位的第四位。特别是在多数农村高发区，食管鳞癌的发生率和死亡率多年来一直居高不下，是一项严重的社会问题。

食管癌预后很差，长期存活率低于5％。复发和远处转移是术后治疗失败的主要原因。目前临床实践中，病理分期是最重要、最可靠的预后指标，但是仍然需要更精确的标志物进一步将术后病人划分为高风险和低风险，进而采取更有效的治疗。

食管鳞癌的基因组改变中包含了许多可以用于早期诊断、预后判断和药物靶点的信息，因此许多的研究致力于从基因组改变中寻找食管鳞癌的预后分子标志物。目前的研究发现，一些染色体区域的基因组改变与预后有关。Ueno等通过比较基因组杂交技术发现5p15，8q24-qter和14q21的增益与食管鳞癌的不良预后显著相关，多因素分析进一步显示5p15是一个独立的预后因子。另一项研究结果显示病理分期、12p的增益和3p的缺失与短的无进展生存期相关，其中12p是独立于病理分期的预后因素(Kwong D et al.2004)。Carneiro课题组利用比较基因组杂交芯片技术筛选与食管鳞癌预后相关的基因组改变，结果表明1p36.32和19p13.3的增益是独立的预测食管鳞癌术后生存的因素。另一项比较基因组杂交芯片的工作发现4q、13q、20q和Xq的拷贝数改变与预后相关(Hirasaki et al.2007)。

尽管已发现了上述与食管鳞癌预后相关的DNA分子标志物，但是均未能应用于临床检测。

CPT1A和CPT1B是肉碱棕榈酰转移酶1。CPT1定位于线粒体外膜，是细胞内脂肪代谢的调控位点，并且具有将长链脂肪酸转运入线粒体进行beta-氧化的功能。研究表明，CPT1可以与BCL2相互作用，而后者具有调节细胞凋亡的功能。

发明内容

在此背景下，本发明系统研究了食管鳞癌中与预后相关的基因组改变，发现CPT1A所在的11q13.2区域的增益具有预后判断价值，进而在两个独立样本中验证该基因的增益与预后的关系，同时也发现CPT1A基因(Gene ID：1374)的拷贝数增加或蛋白的强表达与食管鳞癌不良预后相关。

本发明的第一方面涉及CPT1A基因或蛋白的定量检测试剂在制备食管鳞癌预后判断试剂盒中的用途。

根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测的方法为本领域常用的核酸定量检测方法，例如可以为电泳法或定量PCR法。在本发明的一个实施方案，所述的CPT1A基因的定量检测方法为实时荧光定量PCR的方法。

根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A蛋白定量检测的方法为本领域常用的蛋白定量检测方法，例如可以为电泳法、色谱法或免疫组织化学的方法。在本发明的一个实施方案，所述的CPT1A蛋白的定量检测方法为免疫组织化学法。

根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A基因或蛋白的定量检测方法中包括使用定量检测试剂的步骤。

根据本发明第一方面的用途，其中所述的CPT1A基因的定量检测试剂包括用于定量检测CPT1A基因的寡核苷酸片段；任选地，还包括用于定量检测GAPDH的寡核苷酸片段；任选地，还包括检测缓冲液。

根据本发明第一方面任一项的用途，其中所述的寡核苷酸片段为引物或探针。在本发明的一个实施方案中，所述的寡核苷酸片段为引物。

在本发明的一个实施方案中，其中用于定量检测CPT1A基因的引物序列为SEQ ID NO：1和2所示序列；在本发明的一个实施方案中，其中用于定量检测GAPDH的引物序列为SEQ ID NO：3和4所示序列。