[发明专利]稻瘟病抗性基因Pik功能特异性分子标记PikFNP及其方法与应用

说明书

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，特别涉及一种稻瘟病抗性基因Pik功能性分子标记PikFNP及其方法与应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。由稻瘟病菌(Magnapothe oryzae)引起的稻瘟病是对水稻生产危害最严重的病害之一，每年都造成严重的粮食损失。从环境保护与农业可持续发展的观点来看，抗病品种的育成与利用是防治稻瘟病最安全有效的方法。传统的水稻抗性育种依赖于抗性表型的鉴定，这不仅要求育种者必须具备丰富的接种、调查经验，而且还容易受到环境以及人为因素的影响，鉴定结果容易造成误差，目标基因的选择效率往往较低。随着分子标记技术的产生以及利用，其方便、直接、不受环境影响等优点使得该技术的应用价值及前景越来越受到关注。在育种方面，通过开发与目标基因紧密连锁的分子标记，特别是在基因内部开发其功能特异性的分子标记来对目标基因进行选择，不仅选择可靠性高，而且还大大加快了育种步伐。

由于含有5个具有不同抗谱以及小种特异性的等位基因Pik-m、Pik、Pik-p、Pik-h以及Pik-s，位于第11染色体长臂端上的Pik位点一直是稻瘟病抗性的研究热门。其中，Pik-m(Ashikawa et al.2008.Two adjacent nucleotide-binding site-leucine rich repeat class genes are required to confer Pikm-specific rice blast resistance.Genetics 180：2267-2276)、Pik(Zhai et al.2011.The isolation and characterization of Pik，a rice blast resistance gene which emerged after rice domestication.New Phytologist 189：321-334)以及Pik-p(Yuan et al.2011.The Pik-p resistance to Magnaporthe oryzae in rice is mediated by a pair of closely linked CC-NBS-LRR genes.Theor Appl Genet 122：1017-1028)已被成功地鉴定并克隆。研究表明，这3个等位基因的稻瘟病抗性须由2个相邻的NBS-LRR类抗病基因共同介导。同时，在水稻群体中，包含这3个等位基因的基因组区域存在着基因型的分化，即当相邻的2个功能性的NBS-LRR基因同时存在时，该基因型定义为K型；而当相邻的2个功能性的NBS-LRR基因同时不存在时，该基因型定义为N型(基因型与感病水稻参考品种日本晴的相同)。

抗谱分析表明，Pik对来自中国的稻瘟病菌株具有高效且持久的抗性。为了加快Pik在抗病育种工作中的应用，如在大量的水稻种质资源中筛选、鉴定该功能性抗性基因，以及在分子标记辅助选择育种、抗性基因Pik与其他功能基因的聚合育种、转基因育种中的应用，开发出准确有效且区别于其它等位基因的Pik功能特异性分子标记显得尤为重要。

发明内容

为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的是提供一种稻瘟病抗性基因Pik功能特异性分子标记PikFNP。

本发明的另一目的在于提供上述稻瘟病抗性基因Pik功能特异性分子标记PikFNP的检测方法。

本发明的再一目的在于提供上述稻瘟病抗性基因Pik功能特异性分子标记PikFNP的应用。

本发明目的通过以下技术方案实现：

一种稻瘟病抗性基因Pik的功能特异性分子标记PikFNP，它由引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻总DNA中扩增出核苷酸序列，并经特异性酶切之后，与稻瘟病抗性基因Pik呈特异性带型的分子标记；

所述引物对的核苷酸序列如下所示：

SEQ ID NO.1(5’-3’)：TTCGAGGCCCTACCAAGACA；

SEQ ID NO.2(5’-3’)：CATGGAAGGCTATCCTTGGTA；

所述的水稻品种为Kusabue；

所述的稻瘟病抗性基因Pik包括2个编码NBS-LRR类蛋白的基因Pik-1和Pik-2；

所述的特异性酶切指的是Kpn I酶切；