[发明专利]筛选乳腺炎抗性奶牛的HSTN基因SNP位点、方法及试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于家畜分子生物学技术领域，涉及筛选乳腺炎抗性奶牛的HSTN基因SNP位点、应用方法及试剂盒。

背景技术

奶牛乳腺炎(Mastitis)是指奶牛乳腺受到物理、化学刺激，尤其是微生物的侵袭而发生的一种炎性变化，它不仅影响乳汁品质，而且降低产奶量，给奶业发展造成了严重的危害。据报道，乳腺炎在我国牛群中的阳性率可高达40％-80％，奶牛乳腺炎已成为目前困扰我国奶牛养殖业的头号难题，因此控制其发病率，降低治疗乳腺炎的费用，对于提高奶牛生产者的经济效益非常重要。

奶牛乳腺炎分为临床型乳腺炎(Clinical mastitis)和隐性乳腺炎(Hidden mastitis)(也称亚临床型乳腺炎，Subclinical mastitis)两种类型。临床型乳腺炎可产生明显的临床症状，比较容易作出诊断，而对于隐性乳腺炎要作出准确的诊断，须借助一些实验室的诊断方法。体细胞数(SCS)和乳腺炎之间的遗传相关从0.30到0.98，平均值为0.70，SCS与乳腺炎之间的高遗传相关使得SCS成为乳腺炎一个可行的遗传标记。如加拿大将SCS包括在总经济价值指数(TEV)中，而瑞典利用SCS制定了乳腺炎抗性指数。通过直接显微镜细胞记数法测定乳中SCS来评价奶牛各乳区和奶牛健康状况是目前比较公认的作法。人们通过功能基因多态性与SCS进行关联分析就可得到显著影响奶牛乳腺炎抗性的分子标记。

Histatherin(HSTN)由牛富组蛋白(Histatin，HTN)基因和富酪蛋白(Statherin，STATH)基因重组形成的HSTN基因编码，是富组蛋白和富酪蛋白的组合体，是最近发现的一种抗菌肽。Molenaar等(2008)人工合成了HSTN并进行了体外抗菌实验，发现在磷酸盐缓冲液中，3.1μg/mL浓度的HSTN能杀死大肠杆菌和金黄色葡萄球菌，6.25μg/mL浓度时能杀死念珠菌，表明HSTN的抗菌杀菌活性非常显著。据此推测HSTN在牛体内与免疫应答有关，具体的作用及其调控机制尚不清楚。HSTN基因是影响牛乳腺炎性状的一个重要基因，其单核苷酸多态性(SNP)是导致不同牛个体间抗乳腺炎性状差异的遗传学基础，但利用其SNP及单倍型组合与奶牛抗乳腺炎的关系检测奶牛抗性性状的试剂盒未见报道。

发明内容

针对上述现有技术，本发明的目的提出一种用于HSTN基因单倍型组合筛选乳腺炎抗性奶牛的方法，并通过此单倍型组合与乳腺炎抗性性状的关系，进而提供一种新的筛选乳腺炎抗性奶牛的试剂盒，为奶牛的标记辅助选择提供新的分子标记，可进行奶牛的早期筛选。

为实现这一目的，本发明提出的一个新的奶牛HSTN基因的单倍型组合H2H2(AATTGG)，是检测奶牛自GenBank Accession No NC_007304.5(88288094-88302412)中第635位脱氧核糖核苷酸是A还是T，第1607位脱氧核糖核苷酸是T还是C，第12624位脱氧核糖核苷酸是T还是G，确定所述奶牛在这三个位点的单倍型组合，然后通过单倍型组合确定乳腺炎抗性性状。

为实现上述发明目的，本发明采用如下技术方案：

一种筛选乳腺炎抗性奶牛的SNP位点，所述SNP位点为奶牛HSTN基因第635位、第1607位和第12624位碱基，奶牛HSTN基因第635位为A/T、第1607位为T/C和第12624位为T/G。

所述筛选乳腺炎抗性奶牛的SNP位点可以应用于制备筛选乳腺炎抗性奶牛试剂盒。

一种筛选乳腺炎抗性奶牛的方法，为：提取奶牛基因组DNA，测定奶牛HSTN基因第635位、1607位和12624位碱基多态性，根据奶牛第635位、1607位和12624位的单倍型组合预测奶牛的乳腺炎抗性：当奶牛HSTN基因第635位、1607位和12624位基因单倍型组合为H2H2(ATG/ATG)基因型时，奶牛乳腺炎抗性最强；当奶牛HSTN基因第635位、1607位和12624位基因单倍型组合为H3H7(TTCCTG)时，奶牛的乳腺炎抗性最差。