[发明专利]一种抗菌蛋白质或多肽活性关系表征的方法

权利要求书

1.一种抗菌蛋白质或多肽的活性关系表征方法，包括如下步骤：

1）选取氨基酸，使用描述子计算软件对每个氨基酸生成拓扑描述子参数；

2）采用主成分分析（PCA）进行变量位数压缩提取，得到各种氨基酸的拓扑描述子矢量；

3）对待表征活性关系的蛋白质或多肽用拓扑描述子矢量描述子进行结构表征；

4）将步骤3得到的描述子变量用于GA-PLS或SMR-MLR建模分析。

2.如权利要求1所述的方法，其中步骤1是将166种氨基酸使用描述子计算软件对每个氨基酸生成至少85个拓扑描述子参数，优选为85个拓扑描述子参数。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述描述子计算软件包括Chem3D 8.0、Codessa 2.7 和 Dragon 1.1等。

4.如权利要求2所述的方法，其中所述氨基酸为20种编码氨基酸，其余是非编码氨基酸及人工修饰非蛋白氨基酸。

5.如权利要求1-4任一项所述的方法，其中步骤2是指采用主成分分析(PCA)进行变量维数压缩提取：首先对原始变量矩阵X_166×85进行数据标准化处理(autoscaling)，在此基础上运用PCA得到了6个显著主成分，其分别解释原始变量矩阵66.35%、8.23%、6.63%、4.84%、4.601%和2.86%的方差，累积解释方差为93.52%；对于每个氨基酸所对应的6个显著主成分得分，它是由氨基酸85个原始变量值与每个主成分得分系数的乘积计算而来，即为氨基酸拓扑描述子矢量。

6.如权利要求1-5任一项所述的方法，其中在步骤3中，当使用拓扑描述子矢量对蛋白质或多肽类似序列进行表征时，所包含全部氨基酸残基依次由相应拓扑描述子矢量所代表，对具有n个氨基酸残基的序列，共可用6×n个拓扑描述子矢量串联表征。

7.如权利要求1-6任一项所述的方法，其中步骤3所述的多肽为阳离子抗菌肽或牛乳铁蛋白水解肽。

8.如权利要求1-7任一项所述的方法，其中步骤4中所述的建模分析是指对步骤3得到的拓扑描述子矢量分析，包括：a.用遗传算法-偏最小二乘方法或逐步回归方法挑选与抗菌活性密切相关的结构特征；b.用偏最小二乘法或多元回归法建立抗菌肽定量构效关系分析模型。

9.如权利要求1-8任一项所述的方法在抗菌蛋白质或多肽活性关系表征中的应用。

10.如权利要求1-8任一项所述的方法在蛋白质或多肽活性改性修饰中的应用。