[发明专利]一种非编码基因的高通量鉴定方法有效
| 申请号： | 201210170788.1 | 申请日： | 2012-05-29 |
| 公开（公告）号： | CN102747147A | 公开（公告）日： | 2012-10-24 |
| 发明（设计）人： | 温俊志;廖建友;杨建华;郑凌伶;周惠;屈良鹄 | 申请（专利权）人： | 中山大学 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68 |
| 代理公司： | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人： | 陈卫;郝文婷 |
| 地址： | 510275 *** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 编码 基因 通量 鉴定 方法 | ||
1. 一种非编码基因的高通量鉴定方法，其特征在于包括以下步骤：
（1）提取样品总DNA，进行DNA测序，并将测序结果拼接成contig序列；
（2）提取样品总RNA，从中分离长度为18~30nt的小RNA，对小RNA进行测序；
（3） 将小RNA测序的Reads匹配到DNA的contig序列上进行两端延伸，获得候选前体序列；
（4）利用计算机软件对候选前体序列进行高通量鉴定。
2. 如权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于步骤（1）中对DNA测序的方法为454、Solexa、illumina、SOLiD、HiSeq或Helicos方法中的一种或多种。
3. 如权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于步骤（1）中contig序列的长度大于所测基因的前体要求的长度。
4. 如权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于步骤（1）中采用2倍以上的覆盖度对研究对象进行DNA测序。
5. 如权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于步骤（4）中使用二级结构折叠、自由能计算、综合罚分中的一种或多种对候选前体序列进行分析。
6. 如权利要求1-5中任一项所述的鉴定方法，其特征在于所述基因是microRNA。
7. 如权利要求6所述的鉴定方法，其特征在于步骤（1）中contig序列的长度大于或等于60nt。
8. 如权利要求6所述的鉴定方法，其特征在于所述microRNA是没有基因组图谱物种的microRNA。
9. 如权利要求6所述的鉴定方法，其特征在于获得的microRNA包含microRNA前体、成熟体与星号序列。
10. 如权利要求1-5中任一项所述的鉴定方法，其特征在于所述基因是具有前体结构的小RNA。
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