[发明专利]北京鸭STMN1基因单核苷酸多态性及其分子标记的检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及以北京鸭的功能基因的单核苷酸多态性(SNP)作为分子遗传标记，特别涉及北京鸭STMN1基因的单核苷酸多态性及其检测方法。

背景技术

单核苷酸多态性(SNP)就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。因此，通常所说的SNP包括碱基的替换、插入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。一个SNP表示在基因组某个位点上有一个核苷酸的变化，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起；具有转换型变异的SNP约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上。CpG二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。

在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNP，根据它们在基因组中分布的位置可分为基因编码区SNP(cSNP)、基因周边SNP(pSNP)和基因间SNP(iSNP)等三类。总的说来，cSNP比较少，因为在外显子内的变异率仅占周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。根据对遗传性状的影响，cSNP又可分为两种：一种是同义cSNP，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义cSNP，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变，从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNP的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNP作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。

由于SNP是二等位基因分子标记，所以，理论上在一个二倍体生物群体中，SNP可能是由2个、3个或4个等位基因构成，但实际上3个或4个等位基因的SNP很罕见，故SNP通常被简单地称为二等位基因分子标记。目前，主要采用几种不同的路线来发现SNP：即DNA序列测定方法、PCR-SSCP与DNA测序结合法、AS-PCR方法、引物延伸法和寡核苷酸连接反应等。在这些SNP检测技术中，DNA序列测定法是最为准确的SNP检测方法，但是，其检测费用极其昂贵，且需要有DNA测序仪等大型仪器，同时，在测序过程中需要非常熟练的技术人员和经验，所以，DNA序列测定法不是一种应用于生产实际的理想SNP检测方法；当然，利用PCR-SSCP与DNA测序结合法检测SNP可以适当降低检测费用，但是，PCR-SSCP的实验过程比较长，操作比较繁琐，且实验过程中存在假阳性问题，所以，也并非理想的SNP检测手段；AS-PCR方法作为一种新型的SNP检测方法，在未来的应用领域中具有非常广阔的前景，但是，该方法需要设计特别的引物，且只能针对特定的基因位点，同时，检测过程中还存在误检的概率，因此，目前不具有普遍应用的特点；而引物延伸法和寡核苷酸连接反应技术检测SNP位点，需要平板读数仪、基因芯片、微球阵列技术和质谱仪等检测平台，对于一般的分子实验室来说可实施性不强。

PCR-RFLP方法是一种检测SNP的有效技术，在发现SNP位点后使用限制性内切酶进行切割，然后进行琼脂糖或聚丙烯凝胶电泳分析，就能准确地鉴别SNP位点。PCR-RFLP方法不仅具有DNA测序法的准确性，又克服了其费用昂贵、操作繁琐、假阳性率高的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。

STMN1(Stathmin)基因抑制微管形成，因为其在杏仁体的外侧核(LA)以及将后天恐惧和先天恐惧的刺激信息发送到外侧核的丘脑和皮层结构中高表达。Brocke等人报导编码STMN1的基因有两个影响人类恐惧和焦虑刺激的行为反应的SNP(rs182455，rs213641)。提高饲料转化率能减少生长所需的饲料数量，能减少生产费用，也能减少含氮废料的数量。在不影响动物成长的前提下，减少RFI能减少饲料喂养量，能减少背部脂肪，能减少费用。因此，研究家禽STMN1基因遗传变异和分子遗传特征具有重要理论和实践意义。

关于动物STMN1基因遗传变异的研究国内外多见于人、鼠等动物，而未见北京鸭STMN1基因遗传变异或SNP研究的报道。由于目前北京鸭STMN1基因遗传变异领域的研究匮乏，使该基因位点的功能研究及该基因遗传变异与经济性状关联的研究成为空白。

发明内容

本发明解决的问题在于提供北京鸭STMN1基因单核苷酸多态性检测方法及其应用，寻找与北京鸭经济性状相关的SNP作为分子标记，加快北京鸭良种繁育速度。

本发明的目的在于提供北京鸭STMN1基因的单核苷酸多态性，该基因单核苷酸多态性包括：北京鸭STMN1基因外显子4第48位为C或T的单核苷酸多态性。