[发明专利]一种对核酸序列信息进行匹配的系统和方法

权利要求书

1.一种对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述系统包括数据库、参考序列变换单元、标记单元和匹配单元；

所述数据库，用于存储参考序列；

所述参考序列变换单元，用于对数据库中的参考序列进行BWT变换，得匹配参考序列；

所述标记单元，用于对数据库中的匹配参考序列进行间隔标记；

所述匹配单元，用于将核酸序列片段依次与数据库中的匹配参考序列进行一致性匹配，得匹配核酸序列。

2.根据权利要求1所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述参考序列变换单元包括参考序列矩阵模块和BWT矩阵模块；

所述参考序列矩阵模块，用于对数据库中的参考序列末端或前端添加标识符，并将该参考序列循环移动，得参考序列矩阵；

所述BWT矩阵模块，用于将参考序列矩阵按照字典顺序排序，得BWT参考序列矩阵。

3.根据权利要求2所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述参考序列变换单元还可包括匹配参考序列模块，用于获取BWT参考序列矩阵第一列与最后一列，得匹配参考序列，并储存在数据库中。

4.根据权利要求1所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述标记单元，用于对数据库中的匹配参考序列按照等差数列进行间隔标记。

5.根据权利要求4所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述标记单元，还用于在每个等差数列间隔中再利用等差数列对数据库中的匹配参考序列进行进一步标记。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述匹配单元，用于将核酸序列片段反向互补形成反向互补核酸序列片段，并将反向互补核酸序列片段与数据库中的匹配参考序列进行一致性匹配，得匹配核酸序列。

7.根据权利要求6所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述匹配单元，利用回溯法依次在反向互补核酸序列片段不能匹配的位置之前的位置上进行碱基替换，并从替换位置开始继续在数据库中进行匹配。

8.根据权利要求1至5中任一项所述的对核酸序列信息进行匹配的系统，其特征在于，所述系统还包括信息接收单元；所述信息接收单元，用于通过USB接口或光盘驱动接口或INTERNET获取核酸序列片段和参考序列。

9.一种基于权利要求1所述的对核酸序列信息进行匹配的系统的对核酸序列信息进行匹配的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

A、对数据库中的参考序列进行BWT变换，得匹配参考序列，并将匹配参考序列存储在数据库中；

B、对数据库中的匹配参考序列进行间隔标记；

C、将核酸序列片段依次分别与数据库中的匹配参考序列进行一致性匹配，得匹配核酸序列。

10.根据权利要求9所述的对核酸序列信息进行匹配的方法，其特征在于，所述步骤A包括：

A1、将数据库中的参考序列末端或前端加上标识符，并将该参考序列循环移动，得参考序列矩阵；

A2、将参考序列矩阵按照字典顺序排序，得BWT参考序列矩阵并存储在数据库中。

11.根据权利要求10所述的对核酸序列信息进行匹配的方法，所述步骤A2之后还包括：

A3、获取BWT参考序列矩阵第一列与最后一列，并存储在数据库中。

12.根据权利要求9所述的对核酸序列信息进行匹配的方法，其特征在于，所述步骤B为，对数据库中的匹配参考序列按照等差数列进行间隔标记。

13.根据权利要求12所述的对核酸序列信息进行匹配的方法，其特征在于，所述步骤B中，在每个等差数列间隔中再利用等差数列对数据库中的匹配参考序列进行进一步标记。

14.根据权利要求9至13中任一项所述的对核酸序列信息进行匹配的方法，其特征在于，所述步骤C为，将核酸序列片段反向互补形成反向互补核酸序列片段，然后将反向互补核酸序列片段与数据库中的匹配参考序列中进行一致性匹配，得匹配核酸序列。

15.根据权利要求14所述的对核酸序列信息进行匹配的方法，其特征在于，所述步骤C中，在允许错配的情况下，利用回溯法依次在反向互补核酸序列片段不能匹配的位置之前的位置上进行碱基替换，并从替换位置继续在数据库上进行一致性匹配。