[发明专利]簇毛麦6VL染色体上抗秆锈病基因连锁标记、引物对及用法

说明书

技术领域

本发明涉及生物信息学和植物遗传育种科学技术领域，具体涉及簇毛麦6VL染色体上抗秆锈病基因连锁标记引物对及其用法。

背景技术

小麦（Triticum aestivum L.）是全球三大粮食作物之一，也是我国总产第一的粮食作物，是保障我国粮食安全的重要决定因素之一。小麦在其生育进程中常会受到生物或非生物胁迫的影响。小麦秆锈病（Puccinia graminis f.sp.tritici Eriks.&E.Henn.）是一种世界性小麦病害，起源于乌干达的Ug99是一种致毒性极高，在全球范围内抗源极少的秆锈病生理小种。Ug99及其衍生物已克服了全球小麦生产中广泛利用的几个抗秆锈病基因的抗性，导致世界范围内绝大部分小麦品种对秆锈病缺乏抗性。

已有研究表明，小麦二倍体近缘野生种簇毛麦（Dasypyrum villosum（L.）Candarge）的大部分种质对秆锈病生理小种Ug99表现较高的抗性，其抗秆锈病基因被定位于簇毛麦6VL上。美国堪萨斯州立大学通过远缘杂交和染色体工程手段获得了中抗秆锈病生理小种Ug99的小麦-簇毛麦易位系T6AS.6VL（见参考文献：Qi LL,Pumphrey MO,Friebe B,Zhang P,Qian C,Bowden RL,Rouse MN,Jin Y,Gill BS.A novel Robertsonian trans location event leads to transfer of a stem rust resistance gene(Sr52)effective against race Ug99 from Dasypyrum villosum into bread wheat.Theor Appl Genet,2011,123:159-167）。

T6AS.6VL易位系是在普通小麦遗传背景中由簇毛麦6V染色体长臂（6VL）替换了普通小麦6A染色体的长臂（6AL），从而形成6AS.6VL易位染色体。由于簇毛麦与普通小麦亲缘关系较远，在杂种后代中6VL和6AL间不发生染色体重组，T6AS.6VL易位染色体始终以易位的形式出现在后代中，因此，由簇毛麦6VL控制的抗秆锈病性状及其载有的全部DNA序列均以协同传递的方式出现在后代中。

现有技术中追踪抗病染色体的细胞学方法主要包括染色体分带（C-banding）和基因组原位杂交（GISH），但这些技术成本高、效率低，特别是在小麦育种实践中对大群体进行辅助选择工作量巨大。

EST（expres sed sequence tag,表达序列标签）是指从植物不同组织来源的cDNA文库中随机挑选克隆，对其5’和3’端进行测序获得的短cDNA序列。基于EST的STS标记（sequence-tagged site,STS），即EST-STS标记，是直接依据已定位于基因组物理图上的EST序列设计引物，对基因组进行扩增，从中寻找与目的基因连锁或具有染色体特异性的EST标记。由于EST-STS标记直接来源于表达基因序列，保守性较高，特别有利于界定物种之间的差异（见参考文献：La Rota M,Sorrells ME.2004.Comparative DNA sequence analysis of mapped wheat ESTs reveals the complexity of genome relationships between wheat and rice.Funct Integr Genomics,4:34-46）。因此，基于比较基因组学原理，利用普通小麦EST图谱，可以开发与普通小麦部分同源的簇毛麦特定染色体的特异性分子标记。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种簇毛麦6VL染色体上抗秆锈病基因连锁标记及所用引物对，为小麦-簇毛麦T6AS.6VL易位系在小麦抗秆锈病育种中的应用提供一种新型、实用的标记辅助选择方法。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：一种簇毛麦6VL染色体上抗秆锈病基因连锁标记引物对，是根据普通小麦bin-Map图谱第6部分同源群长臂的EST序列BE471191为模板设计得到的，所述引物对中的一条引物的脱氧核糖核苷酸序列如序列表中序列SEQ ID NO.1所示，所述引物对中的另一条引物的脱氧核糖核苷酸序列如序列表中序列SEQ ID NO.2所示。