[发明专利]基于基因组简化与二代测序DNA文库构建方法及试剂盒有效
申请号: | 201210358999.8 | 申请日: | 2012-09-24 |
公开(公告)号: | CN102877136A | 公开(公告)日: | 2013-01-16 |
发明(设计)人: | 潘玉春;陈强;杨玉梅;王起山;张向喆;马育芳;陈振亮;廖荣荣;涂盈盈;颉孝贤;王振;贺鹏飞;张哲 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/68 |
代理公司: | 上海交达专利事务所 31201 | 代理人: | 王毓理 |
地址: | 200240 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 基因组 简化 二代 dna 文库 构建 方法 试剂盒 | ||
1.一种基于基因组简化与二代测序DNA文库构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
第一步、基因组DNA的提取:利用组织DNA提取试剂盒提取基因组DNA,利用限制性内切酶对基因组DNA进行消化处理,得到限制性片段;
第二步、使用T4DNA连接酶对限制性片段连接上DNA条形码-接头(DNA Barcode Adapter),得到DNA条形码-接头的序列对;
第三步、将DNA条形码-接头的序列对进行混合,然后以混合物作为模板进行PCR扩增,扩增后的产物经琼脂糖凝胶电泳后回收DNA片段作为测序文库,采用芯片分析系统进行最终的质量检测和测序。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的组织是指:猪耳组织。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的基因组DNA经过琼脂糖凝胶电泳检测及260nm/280nm纯度检测,且稀释成50~100ng/μL。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的限制性内切酶为甲基化敏感限制性内切酶。
5.根据权利要求1或4所述的方法,其特征是,所述的限制性内切酶为AvaII。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的接头包括正链和负链,具体为:
正链:5’ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT3’,
负链:5’AGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG3’。
7.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的DNA条形码包括72个序列,具体为:
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