[发明专利]基于基因组简化与二代测序DNA文库构建方法及试剂盒有效

专利信息
申请号: 201210358999.8 申请日: 2012-09-24
公开(公告)号: CN102877136A 公开(公告)日: 2013-01-16
发明(设计)人: 潘玉春;陈强;杨玉梅;王起山;张向喆;马育芳;陈振亮;廖荣荣;涂盈盈;颉孝贤;王振;贺鹏飞;张哲 申请(专利权)人: 上海交通大学
主分类号: C40B50/06 分类号: C40B50/06;C12Q1/68
代理公司: 上海交达专利事务所 31201 代理人: 王毓理
地址: 200240 *** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 基于 基因组 简化 二代 dna 文库 构建 方法 试剂盒
【权利要求书】:

1.一种基于基因组简化与二代测序DNA文库构建方法,其特征在于,包括以下步骤:

第一步、基因组DNA的提取:利用组织DNA提取试剂盒提取基因组DNA,利用限制性内切酶对基因组DNA进行消化处理,得到限制性片段;

第二步、使用T4DNA连接酶对限制性片段连接上DNA条形码-接头(DNA Barcode Adapter),得到DNA条形码-接头的序列对;

第三步、将DNA条形码-接头的序列对进行混合,然后以混合物作为模板进行PCR扩增,扩增后的产物经琼脂糖凝胶电泳后回收DNA片段作为测序文库,采用芯片分析系统进行最终的质量检测和测序。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的组织是指:猪耳组织。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的基因组DNA经过琼脂糖凝胶电泳检测及260nm/280nm纯度检测,且稀释成50~100ng/μL。

4.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的限制性内切酶为甲基化敏感限制性内切酶。

5.根据权利要求1或4所述的方法,其特征是,所述的限制性内切酶为AvaII。

6.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的接头包括正链和负链,具体为:

正链:5’ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT3’,

负链:5’AGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG3’。

7.根据权利要求1所述的方法,其特征是,所述的DNA条形码包括72个序列,具体为:

  AACT  CCTAC  TTCTC  AATATGC  ATTAATT  CTTGCTT  CAGA  CTGTA  ACCTAA  ATGAAAC  ATTGA  GAACTTC  CGAT  GAGGA  ATATGT  CGGTAGA  CATCGT  GCTGTGGA  GATC  GGAAC  CCAGCT  GTCGATT  CCACAA  GGACCTA  GCGT  GGTGT  GAGATA  TCGAAGA  CCGGATAT  GGATTGGT  GTAA  GTATT  GCCAGT  AAAAGTT  CGCGGAGA  GTTGAA

  TCAC  GTCAA  GCTCTA  AACCGAGA  CGCTGAT  TAGGAA  TGCA  TAATA  GGTTGT  ACGACTAC  CGCTT  TAGGCCAT  ACAAA  TACAT  TAACGA  ACGTGTT  CGTGTGGT  TATTTTT  AGCCC  TCACC  TGGCTA  AGGC  CTAGC  TCTCAGTC  AGGAT  TCGTT  TTCAGA  AGTGGA  CTATTA  TCTGTGA  CATCT  TGCGA  AACGCCT  ATGCCT  CTCC  TTCCTGGA

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