[发明专利]利用SSR标记快速检测低频外源染色体小片段或基因的方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种检测待测样本中是否含有目的DNA的方法，特别涉及一种利用SSR标记快速检测低频外源染色体小片段或基因的方法。

背景技术

植物遗传改良是通过对目标基因进行选择，实现优良基因聚合的过程。如果在目标基因导入植物的过程中，对被转移的基因及其载体——外源染色体或染色体片段进行追踪和鉴定，可以提高选择的准确性，从而缩短育种周期，提高育种效率。因此，对导入植物背景中的外源染色体或染色体片段、以及其所携带的外源基因进行有效鉴定十分重要。目前，基于遗传标记系统而建立起来的鉴定外源染色体或基因的方法，主要包括：形态标记、细胞学标记、生化标记、原位杂交和分子标记等，其中分子标记是最有效鉴定方法之一。

近年来随着分子生物学技术的发展，出现了限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性DNA（RAPD）、扩增片段长度多态性（AFIP）、简单重复序列（SSR）标记和单核苷酸多态性（SNP）等多种分子标记技术。这些方法精确可靠，而且可以弥补显带技术和原位杂交技术只能鉴定较大片段的外源染色体的缺点，可以鉴定检测比较小的外源染色体片段。通过运用RFLP，RAPD，AFLP，SSR，SNP等方法建立各种外源染色体片段或基因的分子标记，然后利用这些标记来鉴定转移到植物背景中的外源遗传物质。传统方法鉴定各种抗性和抗病基因及其他性状比较费时费力，利用与这些基因和性状连锁的分子标记进行检测和鉴定，不仅省时省力，而且准确性高，提高了效率。齐莉莉等对源于簇毛麦染色体6V上抗白粉病基因的分子标记的研究，用OPH17，OPAL01，OPHAN03及OPHAL03等引物扩增出簇毛麦的特异带，可作为来源于簇毛麦6VS抗白粉病基因Pro21的RAPD标记。刘志勇等进一步将OPH17转化为与Pm21连锁的SCAR标记，即SCAR1400和SCAR1265。王芙蓉、张军、刘任重等利用花粉管通道导入技术将海岛棉品种海7124的基因组总DNA导入陆地棉栽培品种石远321中，获得了纤维品质优良的新种质系，利用SSR标记对变异材料进行研究发现，外源DNA已经整合在陆地棉的基因组中，并推测某些DNA片段可能是通过同源重组的机制整合到陆地棉染色体上。

染色体片段置换系（chromosome segment substitution lines，CSSL）是利用杂交、回交和分子标记辅助选择（marker-assisted selection，MAS）构建的覆盖作物整个基因组的一系列近等基因系。它的基因组内只有来自供体亲本的一个纯合的染色体片段，而基因组的其余部分与轮回亲本相同。它是进行基因组研究，特别是QTL定位的理想材料。南京农业大学王鹏、张天真等人以陆地棉遗传标准系TM-1为受体亲本，海岛棉海7124为供体亲本在BC5S1代借助分子标记辅助选择（MAS）培育了一套由330个株系构成的染色体片段置换系。

在科学实验中，往往我们可以碰到在一个大群体中，对一个或少数几个阳性植株或目标基因进行筛选鉴定。若逐个筛选鉴定，不仅需要大量人力物力，而且需要较长时间，才能获得鉴定结果。因此，探寻出一条捷径，提高大群体中低频率外源染色体片段或基因的筛选鉴定效率，就显得尤为重要。

发明内容

本发明的目的是提供一种检测待测样本中是否含有目的DNA的方法。该方法尤其适用于含有低频目的基因的大量待测样本的检测。

本发明所提供的检测待测样本中是否含有目的DNA的方法具体可包括如下步骤：

（a）将N个待测样本按照如式（1）所示的矩阵A进行排列。