[发明专利]一种与猪胴体性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于家畜分子标记制备技术领域，具体涉及一种利用COL2A1基因单核苷酸多态性预测猪胴体性状的方法及其分子标记，该方法与猪胴体性状相关的SNP分子标记有关。 

背景技术

分子标记辅助选择是基因工程在现代家畜育种中的一项重要应用，通过分子标记的方法，不仅能缩短育种时限，大大减少育种的人力物力消耗；另外，分子标记的多样性更使得分子标记在动物育种中的应用潜力大大提高（鲁绍熊,吴常信.,2000）。用于辅助选择的分子标记包括蛋白质标记，微卫星标记，SNP标记等。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态，形成的遗传标记。其数量多，多态性丰富。其检测方法包括PCR-SSCP，PCR-RFLP，测序及SNP芯片等。限制性内切酶片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，这种变化可以通过琼脂糖电泳进行检测，从而可比较不同品种（个体）的DNA水平的差异（即多态性）(BeuzenN.D.,et al.2000)。 

研究表明，猪的体长等体尺数据遗传力高，与体重，繁殖率等经济性状显著相关。而骨骼的发育直接影响体长。因此影响骨骼发育的基因成为我们寻找与猪体长数据相关基因的候选对象。II型胶原α1链（COL2A1）基因编码主要的软骨基质蛋白II型胶原是软骨基质的主要蛋白质，也是软骨细胞特异性标志蛋白之一。该蛋白是透明软骨和玻璃体的主要组成部分，由三个相同的多肽链形成纤维，是一个重要的细胞外基质的结构组成。COL2A1基因能否正常表达对软骨的发育具有决定作用，该基因是软骨细胞增殖时所不可或缺的基因，而软骨的发育又是骨骼发育的基础。发生在该基因第23外显子1510G→A的突变，直接导致先天性脊柱骨骺发育不良，其症状表现为脊柱弯曲，个头矮小等症状。猪的COL2A1基因位于第5号染色体，全长为23725Kb，拥有40个外显子。研究表明，猪COL2A1基因在骨关节炎病变组织中的表达量下调（Jefferies et al.,2002）；与前腿踝骨疾病和前肢不整齐脚趾性状显著相关（Fan Bin,et al.,2009）。 

目前，针对猪胴体性状的分子标记研究很少，本发明在猪COL2A1基因的编码区找到的体尺性状SNP分子标记属首次发现。 

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供一种与猪胴体性状相关的单核苷酸多态性（SNP）分子标记。本发明另一个目的在于提供与猪胴体性状相关的单核苷酸多态性分子标记的应用。 

本发明的技术方案如下所述： 

申请人从报道的猪Col2A1基因中克隆得到一种与猪胴体性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如下所示： 

GCCTTGTTCG CCTTTGAAGC CAGCAATTCC AGGCTCACCC TTGACAAAGG AGAAAGGCAG GTTCTCACAT 

TCTCTTCTTT CCGTGGCCCT GCCCCCACCT CCCAAGACCC TTGAAGGCAT CCACTGAAGG ACACGGTGTG 

CGCTCAGGAA GGGGAGATGC AGGTATGATT CCAGGGCCGT TGGTAGGCCT TGGGGTTCCC TCTGGGTCTT 

ACCGTTTGAC CTTTCGGGCC CAGAGGACCA GTTGCACCTT GAGGGCCGGG TGGACCACGG GGCCCRGGGA 

AGCCAGGAGC ACCAGCAATG CCAGGAGCAC CCTGTCGGCA TGAGCAGAAA GAGGGGCATC AGGAAAGAGG 

TTGAGGAGGG ACTGAC 

上述序列中的276位中的R是A或G，导致SmaI-RFLP多态性。 

申请人设计了扩增上述Col2A1基因片段的引物对（该引物对也是扩增本发明的分子标记的引物对），其DNA序列如下所示： 

正向引物：5'GCCTTGTTCGCCTTTGA 3'； 

反向引物：5'GTCAGTCCCTCCTCAACCTC 3'