[发明专利]栉孔扇贝TGF-β I型受体基因及其SNP位点

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传标记辅助育种技术领域，涉及栉孔扇贝TGF-β I型受体基因Tgfbr1的克隆，基因中与闭壳肌重量相关SNP位点的筛查分型技术，及其在高产扇贝选育中应用的方法。

背景技术

转化生长因子β (transforming growth factor β, TGF-β) 信号通路在细胞增殖、分化和生长等生物学过程中发挥重要作用。TGF-β 配体通过结合TGF-β I型和II型受体，以及下游的胞内信号分子，将信号传递到核内，调控目标基因的表达。其中I型受体的激活被认为是TGF-β信号传递的重要环节。在哺乳动物中的研究表明，Tgfbr1基因与细胞的生长和增值有关，该基因中的单核苷酸多态性（SNP）位点与许多生长性状相关。

在海产八珍中，扇贝以其大而鲜美的闭壳肌（肉柱）著称。培育高产扇贝新品种是扇贝养殖产业快速发展的需要。获得与扇贝生长性状，特别是闭壳肌重量相关的基因及基因位点将有助于其分子育种。目前，在扇贝中获得的与生长性状相关的基因或基因位点较少，且尚无TGF-β信号通路受体基因的报道。

发明内容：

本发明的目的是克隆栉孔扇贝TGF-β I型受体基因，筛查基因中与闭壳肌重相关的SNP位点，为高产栉孔扇贝的选育提供SNP标记及其应用的技术方法。

本发明一个方面提供一种栉孔扇贝TGF-β I型受体基因，其核苷酸序列为SEQ ID NO:1。

上述的TGF-β I型受体基因，其编码的氨基酸序列为SEQ ID NO:2。

本发明另一个方面提供栉孔扇贝TGF-β I型受体基因的与闭壳肌重量相关的SNP位点，是序列为SEQ ID NO:1 基因的1815位的碱基为C或T。

上述的栉孔扇贝TGF-β I型受体基因的SNP用于栉孔扇贝的育种选育。

用于检测上述SNP的探针和引物序列信息如下：

探针：5′- TTGTAAGGAAGTCGGATACCGAACT -3′SEQ ID NO:2；

上游引物：5′- GAGGTGTCAGACTGATTTTCAGGAG-3′SEQ ID NO:3；

下游引物：5′- ATGTCACAAAGGAAATTCATAAAGC -3′SEQ ID NO:4。

本发明筛选的SNP位点为TT型的栉孔扇贝，闭壳肌重量显著高于CC型和CT型栉孔扇贝，在高产栉孔扇贝的选育过程中，可针对该位点，优先选择TT型的个体作为育种亲本，以提高选种的效率。

附图说明

图1：本发明筛选的栉孔扇贝TGF-β I型受体基因全长cDNA序列及其编码的氨基酸序列；

其中信号肽序列切割位点用箭头标出，10 个保守的半胱氨酸残基和跨膜区用阴影标出，GS区用下划线标出， ATP 结合区用阴影和下划线标出，L45 loop 用黑框标出，内含子位置用黑三角标出，终止密码子用星号表示，加尾信号用阴影和黑框标出。SNP位点c. 1815 C>T用粗斜体表示。

具体实施方式

本发明采用同源克隆和cDNA末端快速扩增（RACE）技术，从栉孔扇贝中克隆得到了TGF-β超家族I型受体基因cDNA全长序列。该序列全长 1908 bp，ORF 长度为1575 bp，编码 524 个氨基酸，预测蛋白分子量 59.27 KD，等电点为7.77；5’ UTR长度为 15 bp，5’ UTR 长度为318 bp。在其编码蛋白N末端有一段30个氨基酸残基组成的信号肽序列，在第142-164位氨基酸处有一段跨膜区。胞外区有10个保守的半胱氨酸残基，其中 3个在跨膜区附近形成典型的CCX₅C节结构。胞内主要是丝氨酸/苏氨酸激酶区，保守性较高，包括I型受体的典型结构GS区，第229-250位氨基酸处的ATP结合位区，第283-291位氨基酸处决定受体-Smad 结合特异性的L45 loop (ADNKDGTW)。

栉孔扇贝Tgfbr1基因中与闭壳肌重相关SNP位点的筛查分析及其辅助高产栉孔扇贝选育的方法：