[发明专利]利用特定SNP组合进行亲子鉴定的方法

说明书

技术领域

       本发明涉及使用SNP标记进行人类亲子鉴定的检测体系，具体涉及60个标记组合以及引物序列和检测方法。

背景技术

       现代亲缘关系鉴定的方法是DNA分析，利用人类染色体上的遗传标记来识别两个个体之间是否有血缘关系。有亲缘关系的个体之间，共享相同标记的概率，比没有亲缘关系的个体要大。目前，用于亲子鉴定的遗传标记是第二代遗传标记短串联重复序列（STR），它具有分布广泛，易于检测，信息量大，有高度多态性并遵循孟德尔共显性遗传等特点。STR进行亲子鉴定时，一般检测十几个STR位点，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系。但是STR不同等位基因的序列长度相似，区分和判型有一定困难，一般每个PCR反应的判型错误率可达1%~5%（bonin et al. 2004; Weller et al. 2004），判型错误影响亲子鉴定的准确性和可重复性。

随着科学技术的发展，单核苷酸多态性（SNP）作为第三代遗传标记，越来越多的进入人们的视野。在遗传制图、连锁性分析、疾病基因定位和物种多态性研究等诸多领域中，SNP已经逐渐取代STR，成为首选的遗传标记。相对于STR，SNP在染色体中的分布更为广泛，数量更多，检测方法也更方便可靠。在亲缘关系鉴定领域，SNP分型也可以充分发挥其优势：

1）作为遗传标记，SNP比STR更为稳定，STR序列的突变率高于人类基因的平均突变率，而且STR中存在着多个核心序列重复、核心序列的非整倍重复等现象，SNP则不存在这类问题；

2）SNP检测比STR检测对DNA样本的要求更低，适应更多的特殊环境，SNP是单碱基图片，在PCR过程中一般只需扩增100bp左右的长度即可完成检测，9.11灾难的遇难人员身份识别，因为很多样本在极端温度与湿度的影响下，其DNA已经降解，很难收集到足够的STR数据，因此有一部分就是利用SNP完成的；

3）相对于STR，SNP的检测更加廉价，且通量更高，美国等发达国家在9.11等事件中的经验表明，利用STR鉴定技术成功识别一个遗体的平均成本可以达到上千美元，SNP鉴定技术有望将识别成本减半甚至更低；

4）在鉴定父母与子女这样之间的亲缘关系方面，目前所广泛使用的，十几个位点的STR鉴定系统能够提供充分的信息，但是当鉴定的需求扩充到更远的亲缘关系，比如当一个灾难事故遇难者，只有一个表亲能够提供身份鉴别所需的样本时，这样的STR鉴定就有些力不从心，而SNP位点由于具有远超过STR位点的数量，可以提供更多的信息，理论上能够对很远的亲属关系也提供可信的判定；

综上所述，SNP标记具有稳定性高，测定准确，检测方法简便并且高通量等优点，将其应用于亲子鉴定的前景十分广阔，代表了未来的发展方向。

发明内容

       本发明的目的是利用SNP标记高通量、易检测、方便自动化的有点，建立了一套用于人类亲子鉴定的标记组合，并建立简便准确的飞行质谱方法检测此套SNP标记多态性的技术。

       为达到上述目的，本发明的技术方案提供一种用于人类亲子鉴定的SNP标记组合，其保护如附表所示的60个SNP标记：上述标记组合优选利用飞行质谱（MALDI-TOF）方法进行检测，检测方法包括以下步骤（1）提取基因组DNA，包括提取抗凝血DNA和口腔上皮细胞DNA；（2）飞行质谱检测SNP多态；（3）利用软件进行亲子推断。

       本发明经过飞行质谱检测SNP多态及亲子推断实验验证，无论是父子关系推断还是双亲推断，亲子关系都是极显著的，并且推断关系与实际亲缘关系完全吻合；本发明提供的SNP标记组合用于人类亲子鉴定，结果准确。利用飞行质谱方法，可快速、高通量、简便的进行人类亲子鉴定。

实施例

       以下结合实施例，对本发明的具体实施方式进行详细描述，实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。

       实施例1：采用飞行质谱方法对人群进行SNP分型及亲子推断：

一）提取基因组DNA

1）本试验的样本是使用刮棒采集的口腔粘膜细胞，室温保存。刮棒采样DNA提取的具体步骤如下：

2）将口腔刮棒上的脱落细胞溶于400uL 1X 裂解液中，加入1uL蛋白酶K，56度水浴30分钟；

3）取出样品置冰水浴1分钟，加入6mol/L NaCl 150uL，剧烈振荡15-20秒，13000转离心10分钟；