[发明专利]用于进行种子植物物种鉴定的特异引物对及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于进行种子植物物种鉴定的特异引物对及其应用。

背景技术

很多社会场合需要知道材料的物种名称，例如药材、待检样品、种子、木材等等，因为只有知道了物种名称，人们才能了解材料。然而，在许多场合下，一般的形态解剖特征不能准确鉴定物种，必须依靠分辨率更高，更准确的遗传信息。用DNA条形码技术鉴别物种正在成为一项常规技术，美国食品与药品监督管理局已经将DNA条形码技术列为应用技术之一。要让DNA条形码技术真正服务于社会，降低技术难度与成本，提高鉴别能力是当务之急。寻找合适的DNA条形码是科学家的神圣使命。对植物来说，虽然植物学家已经付出了巨大努力，但由于植物本身的复杂性和现有数据的缺乏，一些更适合作为DNA条形码的高分辨率基因资源有待于挖掘。

DNA条形码技术（DNA barcoding）是一种利用生物遗传物质DNA序列进行物种鉴定的新技术，具有快速鉴定、准确性强、对被鉴定材料完整性的要求低等特点，已成为物种鉴别重要方法之一。DNA条形码技术的关键是DNA条形码（DNA Barcode）。一个理想的DNA条形码应该具有如下属性：（1）鉴别能力高，即种内变异小而种间变异大；（2）引物通用性好，适合没有DNA序列信息的类群且扩增与测序效果好；（3）片段长短合适，最好单向测序能测通，双向测序能准确评估序列的质量并发现错误。

在动物中，线粒体上的编码基因片段CO1基本符合上述标准。但在植物中，目前还没有发现完全符合上述标准的基因片段。因此，许多系统发育分析常用的叶绿体基因片段，如atpF-H、matK、psbK-I、rbcL、rpoB、ropC1、trnH-psbA、trnL-F和核基因片段ITS或者他们的组合被建议作为植物DNA条形码。2009年在墨西哥召开的第三届国际DNA条形码大会上，matK和rbcL被建议作为植物的候选DNA条形码予以评估，trnH-psbA和ITS作为补充条码。2011年，ITS被建议考虑为候选DNA条形码。

然而，最近几年的大量评估研究均发现matK和rbcL具有很有限的鉴别能力或者引物通用性不理想。trnH-psbA虽然进化快，但在有的类群中存在倒位和SSR位点等结构，造成测序难和鉴别结果不可靠等问题。ITS是一个比较理想的候选DNA条形码，特别适合较低分类等级的区分，但存在如下问题：（1）有的类群协调进化不完全（incomplete concerted evolution），旁系同源拷贝可能造成错误；（2）现存引物不能消除真菌污染；（3）引物通用性不好，PCR扩增和测序均难。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于进行种子植物物种鉴定的特异引物对及其应用。

本发明提供了一对特异引物，由单链DNA甲和单链DNA乙组成；所述单链DNA甲为15-40bp且具有序列表的序列1所示的DNA片段的DNA片段；所述单链DNA乙为15-40bp且具有序列表的序列2所示的DNA片段的DNA片段。所述单链DNA甲具体可为序列表的序列1所示的DNA片段。所述单链DNA乙具体可为序列表的序列2所示的DNA片段。

本发明提供的特异引物对的的特点是，是基于多个物种总结设计的，能扩增不同物种，且每个物种的扩增效果均好。

所述特异引物对可用于辅助进行种子植物物种鉴定。

本发明还保护所述特异引物对在制备试剂盒中的应用。所述试剂盒的用途为辅助进行种子植物物种鉴定。本发明还保护一种包含所述特异引物对的试剂盒。所述试剂盒的用途为辅助进行种子植物物种鉴定。

本发明还保护以待测植物的ycf1b基因为模板，用所述特异引物对进行PCR扩增得到的DNA片段(分子标记ycf1)。

所述DNA片段可用于辅助进行种子植物物种鉴定。

以上任一所述种子植物可为被子植物。以上任一所述种子植物具体可为杏属植物、蜡梅科植物、定鸢尾属植物或芍药科牡丹组植物。