[发明专利]C6ORF97基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种C6ORF97基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

染色体6开放阅读框97(chromosome6open reading frame97)，位于6号染色体6q25.1上，在C6orf97蛋白的羧基端发现了染色体结构维护域，染色体蛋白在染色体动力学中发挥着重要作用。随着对乳腺癌发病基因、全基因组关联研究(GWASs)的深入，越来越多的资料显示基因突变与乳腺癌的发病率有密切的关系，在8项GWAS研究中筛选出C6orf97基因的rs2046210和rs3757318两个位点值得关注。进一步对C6orf97功能进行研究发现，该基因和腰椎骨密度存在一定的相关性。

目前，C6ORF97基因突变检测方法主要有：Illumina光纤微珠芯片技术、基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALDI-TOF-MS)、SNPlexTM System技术和荧光定量PCR技术，虽然Illumina光纤微珠芯片技术是高灵敏度和精确性的高通量检测系统，但是自动化程度低，手工操作比较多，难以满足实际应用的需要，基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术是一种软电离技术，在蛋白质等生物大分子的检测中有着强大而成熟的功能，但是在核酸检测领域，由于核酸分子本身的特殊性，检测受到一定的限制。SNPlexTM System技术对SNP序列特异性要求较高，不能随意地分析所选择的单核苷酸多态性位点，难以应用于临床检测诊断，而且该方法操作比较复杂，不能满足实际应用的需要。而荧光定量PCR技术灵敏度高、特异性强、自动化程度高的特点，但存在样品易污染、假阳性率高的缺点，且每次只能检测一种突变类型，同样不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供C6ORF97基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测C6ORF97基因四种常见基因型C1810T、T91235C、A68C和A123001G的野生型和突变型。

实现该目的的技术方案如下。

一种C6ORF97基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对C6ORF97基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对C1810T位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10，针对T91235C位点的SEQ IDNO.11及SEQ ID NO.12，针对A68C位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14，和/或针对A123001G位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.8；

(B).有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.17～SEQ ID NO.24，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

在其中一个实施例中，所述扩增引物为：针对C1810T位点的SEQ ID NO.25及SEQ IDNO.26，针对T91235C位点的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28，针对A68C位点的SEQ ID NO.29及SEQ ID NO.30，和/或针对A123001G位点的SEQ ID NO.31及SEQ ID NO.32。

在其中一个实施例中，所述ASPE引物对为：针对C1810T位点的由SEQ ID NO.1和SEQ IDNO.9组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.10组成的序列，针对T91235C位点的由SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.11组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.12组成的序列，针对A68C位点的由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.13组成的序列及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.14组成的序列，和/或针对A123001G位点的由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.15组成的序列及由SEQ ID NO.8和SEQID NO.16组成的序列。