[发明专利]侦测罹患肝癌机率的方法

说明书

技术领域本发明关于人类肝癌的生物标记。

背景技术

微小RNA(miRNA)为约22个核苷酸的短内源性RNA。藉由与目标mRNA的碱基配对，miRNA作用为基因表现的后转录调节物，导致目标mRNA崩解或者抑制目标mRNA的表现。

数个研究显示miRNA在癌细胞中有不正常表现。在数种癌细胞株中观察到miRNA的表现受到抑制。一般推测miRNA抑制肿瘤形成是透过抑制致癌基因和调控与细胞凋亡或分化相关的基因表现。这种miRNA作用如肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene)，因此亦称为「肿瘤抑制微小RNA」(tumor suppressor miRNA)。已知有68%的慢性淋巴性白血病(CLL)的患者，其miR-15及miR-16有缺失或被抑制的现象。。另一方面，相对于直肠及肺的正常组织，在直肠癌及肺癌组织中miR-143与miR-145呈现较低的表现程度。此外，miRNA let-7在肺癌细胞中亦受到抑制，而且藉由miRNA let-7的向下调节可侦测肺癌的不良预后结果。

研究亦显示DNA甲基化在肿瘤抑制微小RNA的调控中扮演重要角色。DNA甲基化系指藉由DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase)使CpG二核苷酸的胞嘧啶(cytosine)转变为5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine)的现象。CpG二核苷酸（亦称为「CpG位」）多位于基因5’端的区域。研究显示约70%的人类基因中可在启动子区域发现CpG位。当启动子区域中的CpG位被高甲基化时，推测位于下游的编码基因的转录可能受到抑制，因此无法表现。一般推测某些甲基结合蛋白与组织胺去乙醯酶(HDAC)及共抑制物(co-repressor)可辨识高甲基化的CpG位，因此改变染色体结构及形成去活性的异质染色质(heterochromatin)。数个研究显示异常的DNA甲基化发生在癌症的早期阶段，可能造成肿瘤抑制基因无法表现。近来的研究显示，DNA甲基化不但抑制肿瘤抑制基因的表现，也降低肿瘤抑制微小RNA的表现。

发明内容

本案一实施形态提供一种侦测个体罹患肝癌机率的方法，包括侦测来自该个体的生物样本中微小RNA miR-129-2的甲基化程度，其中，该甲基化程度系由下列所述之方法所侦测:重亚硫酸限制组合分析法(combined bisulflte restriction analysis；COBRA)、定量甲基化特异聚合酶链反应(quantitative methylation-specific polymerase chain reaction；q-MSP)、重亚硫酸定序法(bisulfite sequencing)、焦磷酸定序法(pyrosequencing)、次世代定序(next generation sequencing；NGS)、及DNA甲基化数组芯片分析法(DNA methylation array analysis)等，其中，当该生物样本中miR-129-2的甲基化程度高于对照样本中miR-129-2的甲基化程度时，表示该个体倾向于罹患肝癌或已罹患肝癌。

本案另一实施形态提供一种侦测个体罹患肝癌机率的方法，包括侦测来自该个体的生物样本中微小RNA miR-129-2的表现程度，其中，该表现程度系由定量反转录聚合酶链反应(quantitative real time PCR；qRT-PCR)或微小RNA数组芯片分析法(miRNA array analysis)等所侦测，其中，当该生物样本中miR-129-2的表现程度低于对照样本中miR-129-2的表现程度时，表示该个体倾向于罹患肝癌或已罹患肝癌。

附图说明

图1为显示本案一实施例中以COBRA分析法侦测正常肝组织、正常肝细胞、及六种HCC细胞(HepG2、HuH7、J7、Hep3B、Mahlavu、SK-Hep1)中miR-129-2甲基化的电泳图。

图2A~2F为显示本案一实施例中以重亚硫酸定序法(bisulfite sequencing)侦测正常肝组织、正常肝细胞、及六种HCC细胞(HepG2、HuH7、J7、Hep3B、Mahlavu、SK-Hep1)中miR-129-2的甲基化情况及比例的图。

图3A为显示本案一实施例中在正常肝细胞与HCC细胞中miR-129-2表现程度的柱状图。

图3B为显示本案一实施例中在正常肝组织与HCC组织中miR-129-2表现程度的柱状图。