[发明专利]一种高通量核酸分析方法及其应用

权利要求书

1.一种高通量核酸分析方法，其特征在于，包括步骤：

(1)对于待分析的n种目的核酸片段，针对每个目的核酸片段，提供结合于所述目的核酸片段的不同结合区的至少2个特异探针，所述的各特异探针具有特异结合区和通用序列区，并且所述的特异结合区的序列与目的核酸片段的结合区的序列互补，而所述通用序列区的序列对应于测序引物的序列，其中n为≥40的正整数；

(2)将含有待分析的目的核酸片段的核酸样本与步骤(1)所述的探针杂交，并连接所述探针，从而获得探针连接产物的混合物，其中各探针连接产物的3’和5’端都是序列对应于测序引物序列的通用序列区；

(3)对步骤(2)的探针连接产物的混合物进行测序，和/或分析，从而获得目的核酸的信息。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述特异探针还具有选自下组的一个或多个特征：

（1）所述特异探针的长度≤100bp，优选地为30-70bp，更优选为40-50bp；

（2）所述特异探针的特异结合区的长度为≤50bp，优选地为15-35bp，更优选为20-25bp；

（3）特异探针的通用序列区长度为≥8bp，优选地为15-35bp，更优选为20-25bp；

（4）所述特异探针的通用序列区的序列还对应于扩增引物序列；

（5）所述特异探针包括标签序列。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，每个目的核酸片段对应的2个探针为：5’端探针和3’端探针，所述的5’端探针能够与位于待分析的目的核酸片段3’端的结合区互补，所述的3’端探针能够与位于待分析的目的核酸片段5’端的结合区互补。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述5’端探针或3’端探针的结构如式I所示：

5’-A—L—B-3’

式I

在式I中，

A代表通用序列区；

B代表特异结合区；

L代表A与B的核酸连接序列；

其中，A与B位置可以互换。

5.如权利要求3或4所述的方法，其特征在于，5’端探针和3’端探针之间的连接关系选自以下其中一组或多组：

(a)5’端探针和3’端探针为紧邻探针：即所述的5’端探针和3’端探针与待分析的目的核酸片段杂交后，二者之间距离0个碱基，在连接酶的作用下进行连接，从而获得探针连接产物；

(b)5’端探针和3’端探针距离1-500个碱基：所述的5’端探针和3’端探针与待分析的目的核酸片段杂交后，在DNA聚合酶和连接酶的作用下进行间隙聚合和连接，从而获得探针连接产物；

(c)杂交体系除了5’端探针和3’端探针外，还包括探针3，探针3分别与5’端探针和3’端探针紧邻，所述的三个探针与待分析的目的核酸片段杂交后，在连接酶的作用下连接，从而获得探针连接产物。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)和步骤(3)之间还包括步骤：对步骤(2)的获得的探针连接产物进行扩增。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(3)中，用第三代测序技术或第二代测序技术对探针连接产物的混合物或其扩增产物进行测序和分析。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(3)中，所述的获得目的核酸的信息是指任选自下组的一个或多个信息：SNP分型信息、DNA甲基化信息、突变筛查信息、CNP分型信息、CNV信息、病原微生物基因信息、转基因动植物产品基因信息、基因表达水平。

9.一种高通量SNP分型方法，其特征在于，包括步骤：使用权利要求1所述的方法对来源于待测样本的探针连接产物的混合物进行测序和SNP分析，获得目的核酸的SNP分型信息。

10.一种检测CNV的方法，其特征在于，包括步骤：使用权利要求1所述的方法对来源于待测样本的探针连接产物的混合物进行测序和CNV分析，获得目的核酸的CNV信息。

11.一种高通量甲基化分析方法，其特征在于，包括步骤：使用权利要求1所述的方法对来源于待测样本的探针连接产物的混合物进行测序和甲基化分析，获得目的核酸的甲基化信息。