[发明专利]多重核酸分析

权利要求书

1.一种测定样本中核酸的方法，其特征在于，包括以下步骤：

a、将探针组添加到样本中以形成混合物，各探针组包括：

i、第一探针，所述第一探针具有与样本中目标核酸的第一区域至少部分互补的第一部分和形成第一引物结合位点的第二部分；

ii、第二探针，所述第二探针具有与样本中目标核酸的第二区域至少部分互补的第一部分和用于形成第二引物结合位点的第二部分，其中，当两个探针均与所述目标核酸杂交时，所述第一探针的5’端基本上毗邻所述第二探针的3’端；

b、将所述混合物中的核酸变性；

c、将所述探针组与所述目标核酸的互补区域杂交；

d、在杂交的探针组上实施连接反应以连接基本上毗邻的所述第一探针的5’端和所述第二探针的3’端，从而形成第三探针；

e、用引物组扩增所述第三探针，从而获得扩增产物，各引物组包括：

i、第一引物，所述第一引物与所述第一引物结合位点至少部分互补；

ii、第二引物，所述第二引物与所述第二引物结合位点至少部分互补；

f、通过测得扩增产物中所述第三探针是否存在或量，来测定所述样本中目标核酸是否存在或量。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，使用超过约48、96、192或384组探针分别测定样本中超过约48、96、192或384种目标核酸是否存在或量。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样本是源自动物的选自下组的样本：血液、血浆、血清、尿液、痰、脊髓液、脑脊液、胸水、乳头抽吸液、淋巴液、源自呼吸、肠道或泌尿生殖系统的液体、泪液、唾液、母乳、源自淋巴系统的液体、精液、脑脊液、器官内部系统液体、腹水、肿瘤囊液、羊水、活检组织、石蜡包埋组织或它们的组合。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，先从所述样本中提取所述目标核酸，再与所述探针组形成混合物。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标核酸是DNA、RNA或cDNA。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，先将所述目标核酸变性，再与所述探针组形成混合物。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物组中的至少一种引物用可检测基团标记。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述基团是选自下组的荧光染料：FAM(5-或6-羧基荧光素)、VIC、NED、PET、荧光素、FITC、IRD-700/800、CY3、CY5、CY3.5、CY5.5、HEX、TET、TAMRA、JOE、ROX、BODIPY TMR、俄勒冈绿、罗丹明绿、罗丹明红、德克萨斯红或雅基马黄。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物组中的至少一种引物包括填充序列。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述填充序列具有约10到约500个核苷酸，优选约10到约60个核苷酸。

11.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物不超过约125个核苷酸，优选约75个核苷酸。

12.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物组的至少一种引物包括含有序列GTTTCTT的寡核苷酸或含有序列GTTTCTT的寡核苷酸的同功变异体。

13.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针组中的至少一种探针包括填充序列。

14.根据权利要求13所述的方法，其特征在于，所述填充序列具有约1到约200个核苷酸，优选约1到约55个核苷酸。

15.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第三探针不超过约250个核苷酸。

16.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针不超过约125个核苷酸。

17.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物组中的至少一种引物用可检测基团标记，所述引物组中的至少一种引物包括填充序列。

18.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物组中的至少一种引物用可检测基团标记，所述探针组中的至少一种探针包括填充序列。