[发明专利]结肠直肠癌复发的预后特征

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2011年1月18日提交的、题为“结肠直肠癌复发的5-基因预后特征”、序列号为61/433,798的临时美国专利申请的优先权，将其全部公开内容引入本文作为参考。

发明领域

本发明一般地涉及诊断测试。更具体地，本发明涉及与结肠直肠癌相关的特征（signature）的诊断测试。

发明背景

在美国，结肠直肠癌是第三种最常见的诊断癌症，每年确诊的有约15万例，并且也是与癌症相关的死亡的第三大诱因。单独通过外科手术治疗淋巴结阴性结肠直肠癌的患者中有四分之一被认为“治愈”，但在五年内将会经历复发。目前，使用美国国家综合癌症网络（National Comprehensive Cancer Network，NCCN）临床实践指南来预测结肠直肠癌患者复发的风险。需要用于确定处于癌症复发的较高风险的患者的改进技术，以通过比NCCN指南所提供的更好的风险预测来实现更好的治疗计划和患者结局。

概述

前述需求在很大程度上通过本发明来满足，其中，在一个方面中公开了诊断测试，该诊断测试在一定程度上改进了结肠直肠癌复发的预测。

本发明提供了对预测患者中结肠直肠癌复发和/或不复发的可能性有用的预后生物标记基因。特别地，通过遗传编程分析确定了在预测结肠直肠癌复发和不复发中重要的特异性基因。这些预后生物标记基因为使用监督式学习技术生成预后规则（算法）提供了基础。将所生成的预后规则例如通过机器可读软件应用于预测个体受试者中结肠直肠癌复发和/或不复发的风险性，所述机器可读软件包括预后规则。

基于确定的预后生物标记基因BMI1、ETV6、H3F3B、RPS10和VEGFA的表达水平的示例性预后规则使用在监督式学习模式中的遗传编程生成。该规则和可以通过随后应用各种监督式学习技术例如遗传编程、CART分析、支持向量机和线性判别分析由这些确定的预后生物标记基因生成的其他规则为预测结肠直肠癌患者的癌症复发和不复发的风险提供了有用的工具。

本发明提供了系统、工具、试剂盒、核酸阵列、矩阵、软件、计算机程序等，其适于利用预后生物标记基因（BMI1、ETV6、H3F3B、RPS10和VEGFA）和/或本发明的预后规则（或多种规则）来预测受试者的结肠直肠癌复发和/或不复发的风险。例如，系统、分析、试剂盒或表面可以包括所公开的生物标记基因、扩增探针、杂交探针、分析试剂、数据收集、计算和输出模块、计算机软件、机器可读介质等中的一种或多种，其适于和/或设计用于将受试者的确定的基因表达水平应用于预后规则（或多种规则）并生成结肠直肠癌复发和/或不复发的风险评估。

本发明进一步提供了用于预测结肠直肠癌复发和/或不复发的风险，所述方法包括：确定从患者获得的样本中预后生物标记基因（BMI1、ETV6、H3F3B、RPS10和VEGFA）的基因表达的量，以及将生物标记基因表达的确定的量应用于预后规则以确定此种风险。所述预后规则可以是在以下实施例中确定的规则，或者可以通过对被分类为表现复发或不复发的结肠直肠癌患者样本群体中的生物标记基因BMI1、ETV6、H3F3B、RPS10和VEGFA的表达进行监督式学习分析来生成。用于预测复发或不复发的风险的优选规则是以下所示的规则1：如果[(((BMI 1/H3F3B)X VEGFA)-((ETV6/RPS10)X H3F3B))≥-4.4777]，那么复发。

因此，相当广泛地概括了本发明的某些实施方案，以便在此更好地理解其详述部分，以及以便更好地体会本发明对于现有技术的贡献。当然还有以下将描述的本发明的另外的实施方案并且所述的实施方案将形成所附权利要求的主题。

在这方面，在详细解释本发明的至少一个实施方案之前，应当理解的是本发明的应用不限于结构的细节以及在以下的说明书中记载的或在附图中示出的组件的排列。本发明能够实现除了所描述的以外的实施方案，并且能够以多种方式实践和实施。而且，应当理解的是，本文使用的短语和术语，以及文摘是出于描述的目的，并且不应被认为是限制性的。