[发明专利]从UV-VIS分光光度计数据进行DNA和/或RNA确定有效
申请号: | 201280011182.1 | 申请日: | 2012-02-29 |
公开(公告)号: | CN103403530A | 公开(公告)日: | 2013-11-20 |
发明(设计)人: | T·布纳法艾斯 | 申请(专利权)人: | 特瑞恩股份有限公司 |
主分类号: | G01N21/33 | 分类号: | G01N21/33 |
代理公司: | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人: | 姬利永 |
地址: | 比利时根*** | 国省代码: | 比利时;BE |
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摘要: | |||
搜索关键词: | uv vis 分光 光度计 数据 进行 dna rna 确定 | ||
1.一种计算机实现的方法,用于分析包括DNA和/或RNA的样本的UV-VIS分光光度计数据,所述方法包括
-接收UV-VIS分光光度计数据,
-考虑代表具有碱基对含量的样本的至少一个光谱来拟合所述UV-VIS分光光度计数据,所述碱基对是腺嘌呤-胸腺嘧啶(AT)或鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)或腺嘌呤-尿嘧啶(AU)中的任一个,和
-从所述拟合中推导出DNA和/或RNA的量的定量。
2.如权利要求1所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述拟合包括考虑代表两个不同碱基对含量的一组参考光谱。
3.如权利要求2所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述拟合包括考虑代表两个不同GC含量的一组两个参考光谱。
4.如权利要求3所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述拟合包括考虑代表两个不同GC含量的一组正好两个参考光谱。
5.如上述任一权利要求所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述拟合包括拟合包含具有至少50个碱基对,有利地至少100个碱基对,的DNA和/或RNA的样本的UV-VIS分光光度计数据。
6.如上述任一权利要求所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述样本包括DNA,
其中所述拟合包括使用代表碱基对的一组参考光谱和代表分离的核碱基的参考光谱的组合。
7.如权利要求6所述的计算机实现的方法,其特征在于,使用代表碱基对的参考光谱和作为代表分离的核碱基的参考光谱的组合的所述拟合,包括使用作为代表碱基对的参考光谱和代表分离的核碱基的参考光谱之间的差异光谱的光谱进行拟合。
8.如权利要求7所述的计算机实现的方法,其特征在于,通过从代表给定碱基对的给定参考光谱中减去代表对应分离核碱基的参考光谱,来获得代表碱基对的参考光谱和代表分离的核碱基的参考光谱之间的差异光谱。
9.如权利要求6到8中任一项所述的计算机实现的方法,其特征在于,代表分离的核碱基的参考光谱是腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、和/或尿嘧啶的参考光谱。
10.如上述任一权利要求所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述方法适于分析包括DNA的样本的PCR反应,
其中所述推导包括确定在PCR反应过程中或在PCR反应后所形成的双链DNA的量。
11.如权利要求10所述的计算机实现的方法,其特征在于,拟合还包括考虑杂质组分的光谱组分。
12.如权利要求11所述的计算机实现的方法,其特征在于,考虑杂质组分的光谱组分包括考虑三甲铵基乙内盐、硫氰酸胍、苯酚、乙二胺四乙酸、蛋白质、叠氮化钠、或血红蛋白中的一个或多个的光谱组分。
13.如权利要求10到12中任一项所述的计算机实现的方法,其特征在于,拟合样本的UV-VIS分光光度计数据包括拟合包括脱氧核苷酸三磷酸、寡聚引物、聚合酶、和DNA的混合物的UV-VIS分光光度计数据。
14.如上述任一权利要求所述的计算机实现的方法,其特征在于,拟合还包括考虑代表所述样本中的散射的一个或多个光谱组分。
15.如上述任一权利要求所述的计算机实现的方法,其特征在于,拟合还包括考虑代表所述样本中的浑浊度的一个或多个光谱组分。
16.如上述任一权利要求所述的计算机实现的方法,其特征在于,所述DNA和/或RNA是至少双链DNA的量。
17.一种计算机实现的系统,用于分析包括DNA和/或RNA的样本的UV-VIS分光光度计数据,所述系统包括
-输入装置,用于接收所述UV-VIS分光光度计数据,
-处理装置,被编程为考虑代表作为腺嘌呤-胸腺嘧啶(AT)或鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)或腺嘌呤-尿嘧啶中多个中的任一个的碱基对的至少一个光谱来拟合所述UV-VIS分光光度计数据,以及从所述拟合中推导出DNA和/或RNA的量的定量,和
-输出装置,用于输出所研究的所述样本的DNA和/或RNA的量的定量。
18.如权利要求11所述的计算机实现的系统,其特征在于,所述处理装置适于执行如权利要求1到16中所述方法中的任一项所述的拟合。
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