[发明专利]大规模平行邻接作图

权利要求书

1.一种用于捕获邻接信息的方法，其特征在于，所述方法包括：

(a)通过以下方法生成多个带标签的核酸分子

(i)用转座酶处理靶DNA序列，从而导致一个或多个断裂或插入事件，进而限定两个或更多个靶DNA序列片段；

(ii)将一个或多个识别序列加入或插入所述靶DNA序列，其中，所述一个或多个识别序列为条形码序列或衔接子序列；

(iii)区室化或物理上限制所述靶DNA序列的位置，从而建立多个带标签的核酸分子，各个带标签的核酸分子带有对应于加入或插入的识别序列的所述靶DNA序列的共享性质，其中，所述共享性质为所述多个带标签的核酸分子的等同的或互补的条形码序列、或受约束的物理位置；

(b)对所述多个带标签的核酸分子进行测序；和

(c)通过鉴定所述多个带标签的核酸分子中所述加入或插入的识别序列的存在来捕获邻接信息，其中所述加入或插入的识别序列的存在对应于所述靶DNA序列的共享性质；

其中所述邻接信息是在两个或更多个靶DNA序列片段之间的空间关系，所述空间关系为：

(i)邻近关系，其中所述两个或更多个靶DNA序列片段直接彼此邻近，

(ii)区室关系，其中所述两个或更多个靶DNA序列片段在所述一个或多个断裂或插入事件之前在靶DNA序列的相同区段内，但不一定彼此邻近，或

(iii)距离关系，其中所述两个或更多个靶DNA序列片段在所述一个或多个断裂或插入事件之前不连续且不邻近，但通过彼此间的特定距离或序列长度相关。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述一个或多个断裂或插入事件导致源自所述靶DNA的靶核酸分子文库的生成。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述一个或多个识别序列是一个或多个条形码，所述一个或多个条形码被对称地标记至与每个断裂或插入事件邻近的序列。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述一个或多个条形码的共享性质是等同或互补的条形码序列。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶DNA序列包含一组靶DNA片段。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述方法还包括用乳状液或稀释物区室化所述靶DNA片段，从而在用所述转座酶处理前或后生成靶DNA片段的两个或更多个区室。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述一个或多个识别序列是一个或多个区室特异性条形码，所述一个或多个区室特异性条形码中的每一个对应于在区室化步骤中生成的一个或多个区室。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，一个或多个引物序列的共享性质是等同的区室特异性条形码。

9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述方法还包括使用具有区室特异性条形码的引物执行核酸扩增。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述一个或多个识别序列是一个或多个衔接子序列，所述一个或多个衔接子序列修饰所述靶DNA序列的末端或在所述靶DNA序列内插入。

11.根据权利要求10所述的方法，其特征在于，所述一个或多个衔接子序列与一个或多个表面结合的引物互补。

12.根据权利要求11所述的方法，其特征在于，所述转座酶与核酸结合，所述核酸与第二表面结合的引物互补。

13.根据权利要求11所述的方法，其特征在于，所述方法还包括使所述一个或多个衔接子序列与所述一个或多个表面结合的引物杂交。

14.根据权利要求13所述的方法，其特征在于，所述共享性质是受约束的物理位置。

15.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述转座酶与表面结合的识别序列结合，以形成表面结合的转座酶复合物。

16.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，所述共享性质是受约束的物理位置。

17.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，处理所述靶DNA序列包括使多个表面结合的转座酶复合物暴露于所述靶DNA序列。