[发明专利]寡糖转移酶催化的天冬酰胺连接的糖基化的组分的合理设计

权利要求书

1.用于鉴定寡糖转移酶(OST)-催化的天冬酰胺-连接(“N-连接”)的糖基化的潜在组分的方法，所述潜在组分选自

(a) 潜在寡糖供体，优选脂质-连接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一异戊二烯酯结合的寡糖供体，

(b) 潜在寡糖转移酶(OST),

(c) 潜在共有序列基序多肽，和

(d) 潜在糖基化抑制剂，

所述方法包括步骤

(i) 使用表1的原子坐标，所述原子坐标距离骨架原子优选+2 ?、更优选+1.5 ?、最优选+1.0 ?均方根偏差(rmsd)，用于生成红嘴鸥弯曲杆菌的寡糖转移酶(OST)的催化结构域的三维模型，所述催化结构域包含氨基酸D56、R147、D154、D156、E319、R375、Y468、和H485中的至少三个、优选至少四个、更优选至少六个、最优选所有氨基酸，和/或，优选并且

(ii) 使用表1的原子坐标，所述原子坐标距离骨架原子优选+2 ?、更优选+1.5 ?、最优选+1.0 ?均方根偏差(rmsd)，用于生成红嘴鸥弯曲杆菌的寡糖转移酶(OST)的多肽结合位点的三维模型，所述多肽结合位点包含氨基酸M318、R331、W463、W464、D465、和I572中的至少两个、优选至少三个、更优选至少四个、最优选所有氨基酸，

(iii) 优选在(i)和/或(ii)的三维模型的氨基酸的坐标上进行全身平移和/或旋转，

(iv) 使用所述(i)、(ii)和/或(iii)的三维模型用于设计或选择潜在组分(a)至(d)中的至少一种，

(v) 提供所述潜在组分(a)至(d)中的至少一种，并且

(vi) 将所述潜在组分(a)至(d)中的至少一种与对于寡糖转移酶(OST)-催化的天冬酰胺-连接(“N-连接”)的糖基化必需的进一步功能组分接触，

(vii) 鉴定选自以下的功能组分

     (A) 功能性寡糖供体，优选功能性脂质-连接的寡糖(LLO)或焦磷酸十一异戊二烯酯结合的寡糖供体，

     (B) 功能性寡糖转移酶(OST),

     (C) 功能性共有序列基序多肽，和

     (D) 功能性糖基化抑制剂。

2.权利要求1的方法，其中在步骤(ii)中，红嘴鸥弯曲杆菌的寡糖转移酶(OST)的多肽结合位点的三维模型包含氨基酸M318、A331、W463、W464、D465 和I572中的至少两个、优选至少三个、更优选至少四个、最优选所有氨基酸。