[发明专利]包含经由连接基连结的标记的寡核苷酸

说明书

技术领域

本发明涉及生物学领域，更具体地是分子生物学领域。更特别地，它涉及核酸、优选RNA和DNA分子的扩增和检测领域。

背景技术

当今，核酸例如DNA的扩增和检测用于不同的方法中。在很多常规诊断学中，扩增核酸的分析是经由毛细管电泳进行的。该方法根据DNA分子的长度分离被分析物，并且通过荧光标记检测它们。在得到的电泳图谱中，根据峰鉴别某一长度的DNA分子。但是，由于人工产物、例如降解的产物或引物的原因，基线以上的小峰（背景峰）的出现导致了灵敏度的损失。这些背景峰代表游离的荧光标记和/或包含所述标记的短寡核苷酸（1至8个碱基）。

本发明基于的一个问题是提供具有增强的稳定性的标记寡核苷酸，以减少背景峰并且增强检测的灵敏度。

发明内容

发明人令人预料不到地发现，用如下的寡核苷酸作为引物减少了在扩增产物分析中的背景峰，其中所述寡核苷酸包含如下的核苷酸，所述核苷酸经由此处下文公开的含负电荷残基的C-连接基连结标记。因此，本发明涉及一种标记的核苷酸，所述核苷酸包含经由连接基连结的标记，其中所述的标记核苷酸具有化学式

其中R¹为带负的净电荷的残基，优选地选自磷酸根基团和硫酸根基团；

其中R²、R³和R⁴独立地选自H₂、OH₂和O；

其中n为0至16的整数；

其中“a”为1至10的整数；

其中SP不存在或为间隔基；

其中X为所述的标记；并且

其中Y为核苷酸或核苷。

本发明还涉及如下的寡核苷酸，其包含至少一个本发明的标记核苷酸。

此外，本发明涉及包含如下寡核苷酸的试剂盒，所述寡核苷酸包含本发明的标记核苷酸。

本发明还涉及本发明寡核苷酸的用途，其在核酸扩增方法中用作引物。此外，本发明涉及本发明寡核苷酸的用途，其用作杂交探针。

发明详述

本发明的标记核苷酸包含经由连接基连结的标记，其中所述的标记核苷酸具有如下的化学式

该化学式如上文所述的。但是，优选的实施方式将在下文中描述。

在本发明的一个优选实施方式中，R¹为磷酸根基团。

发明人发现，通过增加重复单元的数量（由“a”表示），电泳图谱中染料斑点的减少增加。但是，本领域普通技术人员将意识到，增加C₃-重复单元的数量也会增加所述标记核苷酸或寡核苷酸的成本。因此，在本发明的一个实施方式中，“a”选自1、2、3、4、5、6、7、8、9和10。发明人令人预料不到地发现，两个重复单元多次使得所述寡核苷酸和扩增产物在稳定性方面具有优良性能。因此，在本发明的一个优选实施方式中，“a”选自1、2和3,优选地，“a”为2。

在本发明的一个实施方式中，n为1，R²、R³、和R⁴各自为H₂，并且R¹为磷酸根基团；且“a”为2。

重复单元的长度可根据需要进行改变。因此，在本发明的一个实施方式中，n为0至16的整数。但是，发明人令人预料不到地发现，重复长度为3时确实显示出了特别好的性能。因此，在本发明的一个实施方式中，n为1。在这种情形下，所述的标记核苷酸具有如下的化学式：

其中R¹为带负的净电荷的残基，优选地选自磷酸根基团和硫酸根基团；

其中R²、R³和R⁴独立地选自H₂、OH₂和O；

其中“a”为1至10的整数；

其中SP不存在或为间隔基；

其中X为所述的标记；并且

其中Y为核苷酸或核苷。

在此公开的适用于化学式1的所有实施方式，即不包括有关“n”的实施方式，也适用于化学式2。但是，在化学式2的一个实施方式中，R²、R³和R⁴、各自为H₂，且R¹为磷酸根基团；并且“a”为2。