[发明专利]使用目标基因表达的概率建模评估细胞信号传导途径活性

权利要求书

1.一种非诊断方法，其用于至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的至少三个目标基因的表达水平来推断所述医疗受试者的组织中的一种或多种细胞信号传导途径的活性，其中所述推断包括：

通过评价概率模型的至少一部分来推断医疗受试者的组织中一种或多种细胞信号传导途径的活性，其表示对于一组输入的一种或多种细胞信号传导途径，所述一组输入包括至少在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的至少三个目标基因的表达水平；

估计医疗受试者的组织中至少一种转录因子（TF）元件的水平，所述至少一种TF元件控制一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的转录，所述估计至少部分基于与至少一个TF元件和在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的至少三个目标基因的表达水平有关的条件概率；

基于组织样品中转录因子的估计水平来推断一种或多种细胞信号传导途径的活性；

其中通过数字处理设备使用一种或多种细胞信号传导途径的所述概率模型来进行所述推断，

其中所述一种或多种细胞信号传导途径包含Wnt途径、ER途径、AR途径和/或Hedgehog途径，

其中所述推断包括：

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的Wnt途径的至少三个目标基因的表达水平来推断所述医疗受试者的组织中Wnt途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：KIAA1199、AXIN2、RNF43、TBX3、TDGF1、SOX9、ASCL2、IL8、SP5、ZNRF3、KLF6、CCND1、DEFA6和FZD7，和/或

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的ER途径的至少三个目标基因的表达水平来推断所述医疗受试者的组织中ER途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：CDH26、SGK3、PGR、GREB1、CA12、XBP1、CELSR2、WISP2、DSCAM、ERBB2、CTSD、TFF1和NRIP1，和/或

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的Hedgehog途径的至少三个目标基因的表达水平来推断所述医疗受试者的组织中Hedgehog途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：GLI1、PTCH1、PTCH2、IGFBP6、SPP1、CCND2、FST、FOXL1、CFLAR、TSC22D1、RAB34、S100A9、S100A7、MYCN、FOXM1、GLI3、TCEA2、FYN和CTSL1，和/或

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的AR途径的至少三个目标基因的表达水平来推断所述医疗受试者的组织中AR途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：KLK2、PMEPA1、TMPRSS2、NKX3.1、ABCC4、KLK3、FKBP5、ELL2、UGT2B15、DHCR24、PPAP2A、NDRG1、LRIG1、CREB3L4、LCP1、GUCY1A3、AR和EAF2，

其中所述概率模型是Bayesian网络。