[发明专利]作为LKB1状态的预测性生物标志物的基因表达谱的鉴定

权利要求书

1.一种用于预测患者癌中的LKB1基因或蛋白质丢失或突变的方法，所述方法包括：

a)从患者的癌中获得生物试验样本；

b)获得所述生物样本中选自表1的一种或多种基因的基因表达水平；

c)将所述基因表达水平与一组参比水平进行比较，所述参比水平代表没有LKB1基因或蛋白质丢失或突变的生物野生型样本的基因表达水平和具有LKB1基因或蛋白质丢失或突变的参比样本的基因表达水平；

其中特征在于与具有LKB1基因或蛋白质丢失或突变的参比样本的基因表达水平有更高相似性的生物试验样本的基因表达水平，表明患者的癌中LKB1基因或蛋白质丢失或突变的可能性提高。

2.权利要求1的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平采用基因mRNA测量获得。

3.权利要求1的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平采用RT-PCR或Affymetrix HGU133plus2获得。

4.权利要求1的方法，其中所述基因表达水平的比较采用PAMR进行。

5.权利要求1的方法，其中所述癌症是非小细胞肺癌或宫颈癌。

6.权利要求1的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平的特征在于表1中具有负倍数变化值的一种或多种基因的上调。

7.权利要求1的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平的特征在于表1中具有正倍数变化值的一种或多种基因的下调。

8.权利要求1的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平的特征在于一种或多种下列基因上调：清道夫受体A类，成员5(推定)；血纤蛋白原γ链；血纤蛋白原α链；胰岛素样4(胎盘)；有机溶质转运蛋白β；磷酸二酯酶1A，依赖于钙调蛋白；氨甲酰磷酸合成酶1，线粒体；卷曲同源物10(果蝇)；黏蛋白5AC，寡聚粘液/形成凝胶的；三叶因子1；瞬时受体电位阳离子通道，亚家族C，成员6；白介素1受体，II型；血纤蛋白原β链；染色体12可读框39；受AK090616支持的假定基因；R-spondin3同源物(非洲爪蟾)；和白介素1受体，II型。

9.权利要求1的方法，其中所述基因表达水平的特征在于一种或多种下列基因下调：几丁质酶3样1(软骨糖蛋白-39)；odz，odd Oz/ten-m同源物2(果蝇)；趋化因子(C-C基序)配体5；骨形态发生蛋白4；钙磷蛋白；未表征蛋白质LOC100131897；和CD74分子，主要组织相容性复合体，II类恒定链。

10.一种用于治疗非小细胞肺癌、宫颈癌或佩－吉综合症的方法，所述方法包括将有效量的TOR激酶抑制剂给予患有非小细胞肺癌、宫颈癌或佩－吉综合症的患者，其中所述患者的生物试验样本的基因表达水平的特征在于与没有LKB1基因或蛋白质丢失或突变的野生型样本的基因表达水平相比，与具有LKB1基因或蛋白质丢失或突变的参比样本的基因表达水平有更高相似性，且其中所述基因选自表1。

11.权利要求10的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平采用基因mRNA测量获得。

12.权利要求10的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平采用RT-PCR或Affymetrix HGU133plus2获得。

13.权利要求10的方法，其中所述表达水平的比较采用PAMR进行。

14.权利要求10的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平的特征在于表1所示具有负倍数变化值的一种或多种基因的上调。

15.权利要求10的方法，其中所述生物试验样本的基因表达水平的特征在于表1所示具有正倍数变化值的一种或多种基因的下调。