[发明专利]用于多核苷酸构建体设计的系统和方法

权利要求书

1.用于设计用于基因表达的核酸序列的计算机化系统，其包含：

a.用于容纳数据库[107]的服务器[103]；

b.网络连接[102]；

c.包含功能模块的计算机可读介质[101]，所述功能模块包括：

i.用于使核酸构建体的设计能够进行的设计模块；

ii.用于将与设计操作相关的生物学信息可视化的互动用户界面模块；

iii.用于购买用户设计的或预存的核酸构建体的交易模块；

iv.用于检测与不良基因表达产物相关的所设计的核酸序列的检测模块，其中所述检测模块设置为使用不良产物数据库，所述不良产物数据库包含编码不良基因表达产物的病毒或细菌序列；

其中该计算机化系统以下述方法操作：

a)接收设计指令，其中所述设计指令包括针对至少一个基因的核酸序列；

b)针对接收的设计指令，在互动用户界面中可视化生物学信息；

c)设计核酸序列；

d)当设计了与不良基因表达产物相关的序列时检测并通知，其中所述检测包括当所述所设计的核酸序列的部分与所述不良产物数据库的一或多个条目的比对高于预先确定的阈值水平时标记用于警报；

e)提供用于订购和购买所述核酸构建体的交易装置。

2.权利要求1的系统，其中设置所述计算机化系统作为在计算机设备上运行的软件应用和/或网站。

3.权利要求2的系统，其中所述应用安装在选自下组的计算机设备上：电话、手提设备以及任何合适的本领域已知的计算机设备。

4.权利要求1的系统，其中所述核酸构建体选自DNA、RNA及其任意组合。

5.权利要求1的系统，其中所述计算机可读介质进一步包含存取模块，其使得用户可以在模块中以不同级别存取、在模块内以不同的功能级别存取及其任意组合，所述存取由预先确定的变量定义。

6.权利要求5的系统，其中所述预先确定的变量选自：不同的支付等级、用户类型和用户技术等级及其任意组合。

7.权利要求1的系统，其中进一步设置所述设计模块以使用户可以编辑所述所设计的核酸序列并在所述设计中使用不同的预先确定的对照。

8.权利要求7的系统，其中所述对照选自：甲基化位点的改变、蛋白质水平的改变和/或代谢水平的改变。

9.权利要求7的系统，其中所述所设计的核酸序列的设计包括在相关翻译系统中非天然氨基酸和其它常规分子编码序列的合并，所述常规分子选自：重金属、标记、编码的数据和/或任何其它本领域已知的合适分子。

10.权利要求1的系统，其中进一步设置所述设计模块以使用户可以从遗传元件创建核酸设计，所述遗传元件选自：转录启动子、核糖体结合位点、基因、终止子和任何其它本领域已知的常规遗传元件。

11.权利要求1的系统，其中进一步设置所述设计模块以使用户可以对通过所述互动用户界面可获得的构件进行组建以设计基因表达构建体。

12.权利要求11的系统，其中所述构件是选自：启动子、开放阅读框、终止子、Shine-Dalgarno序列或其表达系统等价物。

13.权利要求1的系统，其中进一步使所述设计模块适合于根据各种要求优化所述核酸构建体。

14.权利要求13的系统，其中所述各种要求涉及密码子使用、GC含量和CpG含量，另一方面，基本上避免与DNA基序、序列重复和反向互补序列重复相关的问题。

15.权利要求1的系统，其中进一步设置所述设计模块以利用各种计算机辅助的方法来确定最佳的密码子序列。