[发明专利]用于选择性分子分析的系统和方法

权利要求书

1.用于在样品中存在非靶DNA序列时选择性扩增靶DNA序列的方法，所述方法包括：

在杂交条件下，使寡核苷酸体系与所述样品接触形成反应混合物，所述寡核苷酸体系包括正向引物和反向引物，其中对所述正向引物或反向引物中的一个进行修饰，以优先增加所述引物和所述靶序列之间的杂交，所述修饰包括修饰的3'端核苷酸；

使所述寡核苷酸体系循环，从而使得如果所述靶DNA序列存在于所述样品中，则所述正向引物和所述反向引物与所述靶DNA序列杂交，且所述反应混合物生成第一扩增产物；以及

检测所述第一扩增产物，其中所述检测步骤包括使用靶DNA探针部分检测所述靶DNA序列，所述靶DNA探针部分包含第一修饰，其中所述第一修饰优先增加所述靶DNA探针部分和所述第一扩增产物之间的杂交。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述修饰的3'端核苷酸选自锁核酸、cLNA、桥接核酸、拉链核酸、小沟结合体、肽核酸以及其组合。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述修饰的引物还包含一个或多个额外的修饰核苷酸。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述修饰的引物包含寡核苷酸序列5'-XYZ-3'，其中：

X包含一个或多个生物素基团；

Y包含一个或多个核苷酸；以及

Z包含一个或多个修饰的核苷酸。

5.如权利要求4所述的方法，其中Z包含位于3'端的两个连续锁核酸。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述修饰的引物包含寡核苷酸序列5'-YZYZ-3'，其中：

Y包含一个或多个核苷酸；以及

Z包含一个或多个修饰的核苷酸。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述样品中的所述靶DNA序列与至少一些所述非靶DNA序列的不同仅在于一个核酸。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述靶DNA探针部分包含选自锁核酸、cLNA、桥接核酸、拉链核酸、小沟结合体、肽核酸以及其组合中的至少一个修饰的核苷酸。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述检测第一扩增产物的步骤包括下列步骤：

提供包含一组特征的微阵列，所述特征包括用于检测所述靶DNA序列的所述靶DNA探针部分，并且还包括打算用作阳性对照的部分和打算用作阴性对照的部分；

使所述微阵列与所述循环的反应混合物接触，以能使所述第一扩增产物与所述靶DNA探针部分结合，其中这种结合引起发射可检测信号的特征；以及

检测所述发射的可检测信号。

10.用于在样品中存在非靶DNA序列时选择性扩增靶DNA序列的方法，所述方法包括：

在杂交条件下，使寡核苷酸体系与单独样品接触形成反应混合物，所述寡核苷酸体系包括正向引物和反向引物，其中对所述正向引物或反向引物中的一个进行修饰以优先增加所述引物和所述靶序列之间的杂交，所述修饰包括：(i)修饰的3'端核苷酸，和(ii)一个或多个额外的修饰核苷酸；

使所述寡核苷酸体系循环，从而使得如果所述靶DNA序列存在于所述样品中，则所述正向引物和所述反向引物与所述靶DNA序列杂交，且所述反应混合物生成第一扩增产物；

提供包含一组特征的微阵列，所述特征至少包括用于检测所述靶DNA序列的靶DNA探针部分，并且还包括打算用作阳性对照的部分和打算用作阴性对照的部分；其中所述靶DNA探针部分包含第一修饰，其中所述第一修饰优先增加所述靶DNA探针部分和所述第一扩增产物之间的杂交；

使所述微阵列与所述循环的反应混合物接触，以能使所述第一扩增产物与所述靶DNA探针部分结合，其中这种结合引起发射可检测信号的特征；以及

检测所述发射的可检测信号；

其中所述靶DNA探针部分包含第一修饰，其中所述第一修饰优先增加所述靶DNA探针部分和所述第一扩增产物之间的杂交。