[发明专利]肿瘤或肿瘤细胞中上皮或间充质表型的诊断性甲基化标志物和对EGFR激酶抑制剂的响应

权利要求书

1.一种测定肿瘤细胞是否具有间充质表型的方法，其包括检测至少一种选自下组的基因中CpG位点处DNA甲基化的存在或缺失：CLDN7、HOXC4、P2L3、TBCD、ESPR1、GRHL2、ERBB2和C20orf55，其中所述CpG位点处甲基化的存在指示肿瘤细胞具有间充质表型。

2.一种测定肿瘤生长对EGFR激酶抑制剂所致抑制的敏感性的方法，其包括在样品肿瘤细胞中检测至少一种选自下组的基因中CpG位点处DNA甲基化的存在或缺失：CLDN7、HOXC4、P2L3、TBCD、ESPR1、GRHL2、ERBB2和C20orf55，其中所述CpG位点处甲基化的存在指示肿瘤生长对于使用EGFR抑制剂的抑制为抗性。

3.一种鉴定很可能受益于使用EFGR抑制剂治疗的癌症患者的方法，其包括在来自患者的癌症的样品中检测至少一种选自下组的基因中CpG位点处DNA甲基化的存在或缺失：CLDN7、HOXC4、P2L3、TBCD、ESPR1、GRHL2和C20orf55，其中如果所述CpG位点处的DNA甲基化检测为缺失，那么将患者鉴定为很可能受益于使用EGFR抑制剂治疗。

4.权利要求3的方法，其进一步包括如果患者鉴定为很可能受益于使用EGFR抑制剂治疗的患者，那么对所述患者施用治疗有效量的EGFR抑制剂。

5.一种在患者中治疗癌症的方法，其包括对所述患者施用治疗有效量的EGFR抑制剂，其中所述患者在施用所述EGFR抑制剂之前诊断为患有展现出至少一种选自下组的基因中CpG位点处缺失DNA甲基化的癌症：CLDN7、HOXC4、P2L3、TBCD、ESPR1、GRHL2和C20orf55。

6.权利要求2-5中任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是厄洛替尼(erlotinib)、西妥昔单抗(cetuximab)或帕尼单抗(panitumumab)。

7.一种测定肿瘤细胞是否具有上皮表型的方法，其包括检测至少一种选自下组的基因中CpG位点处DNA甲基化的存在或缺失：PCDH8、PEX5L、GALR1和ZEB2，其中所述CpG位点处甲基化的存在指示肿瘤细胞具有上皮表型。

8.前述权利要求中任一项的方法，其中通过焦磷酸测序检测甲基化的存在或缺失。

9.前述权利要求中任一项的方法，其中从福尔马林固定、石蜡包埋的(FFPE)组织或新鲜冷冻的组织分离DNA。

10.权利要求9的方法，其中在焦磷酸测序前预扩增从组织样品分离的DNA。

11.权利要求1或2的方法，其中所述肿瘤细胞是NSCLC细胞。

12.权利要求3-5中任一项的方法，其中所述癌症是NSCLC。