[发明专利]用于HCV抑制剂抗性亚群表型检测的方法

说明书

本申请要求2011年12月2日提交的美国临时申请No.61/566,595的优先权。该申请的整个内容通过引用并入本文。

【技术领域】

本发明的实施方式涉及测定丙型肝炎病毒(“HCV”)或HCV群对HCV抑制剂的易感性的方法。还提供了测定HCV或HCV群的复制能力的方法。

【背景技术】

HCV影响估计世界上1.7亿人，包括4百万美国人，或约1％的美国人口，因而其为最常见的血液携带疾病。HCV感染在大致55～85％的患者中成为慢性病症。慢性HCV感染的晚期并发症包括肝硬化，肝细胞癌，及死亡。对于预防HCV感染没有有效疫苗。

HCV是含有大致9,000个核苷酸(9kb)的正义线性单链RNA基因组的有包膜病毒。HCV与黄病毒及瘟病毒一起分类进黄病毒科(Flaviviridae)。HCV基因组的单开放阅读框被翻译而产生单蛋白产物，然后其被进一步加工产生更小的活性蛋白，包括3种结构蛋白(核衣壳(C)和2种包膜糖蛋白(E1和E2))和7种非结构蛋白(包括丝氨酸蛋白酶(非结构蛋白3(NS3))，辅因子(非结构蛋白4A(NS4A))，非结构蛋白5A(NS5A)，及RNA依赖性RNA聚合酶(非结构蛋白5B(NS5B)等)。

HCV株基于种系发生(遗传序列)由“基因型”分组成6个基因型(即1～6)之一，其在基因型内被进一步表征为几种不同亚型(例如1a，1b，1c)。用一种HCV基因型感染不必然给患者提供针对该基因型或任何其他基因型的HCV的免疫力，由此，用多于一种HCV基因型分离物同时感染是可能的。大部分HCV基因型是地理学上不同的。在北美洲，欧洲和日本，HCV基因型1是最普遍的。在基因型1HCV之内，亚型1a和1b更普遍，亚型1c仅是少数成分。

护理HCV感染的当前标准依赖于通过响应于用聚乙二醇化干扰素α(PEG-IFN)组合利巴韦林(RBV)进行24～48周治疗的免疫调节的病毒复制的间接阻遏。对治疗的响应在患者之中有变化，大致40～60％的患者达到病毒复制的持续阻遏(持续的病毒学应答，SVR)。并非所有对标准PEG-IFN/RBV治疗具有初始应答的HCV-感染患者维持他们的应答，如通过血浆中可检测的HCV RNA的上升水平证明的。由于PEG-IFN/RBV治疗的功效可变性和低耐受性，在临床前发展程序和临床试验中正在评价直接靶向HCV复制的大量新抗病毒药剂(例如，波普瑞韦，替拉瑞韦)。靶向分别由HCV基因组的NS3，NS5A和NS5B区编码的病毒蛋白酶、非结构蛋白5A或RNA-依赖性RNA聚合酶(RdRp)的抑制剂正在进行深入开发。

HCV的NS5B区是1,773个核苷酸长，编码HCV RdRp酶。HCV RdRp酶“拷贝”HCV RNA基因组并产生正义和负义HCV RNA，因此RdRp对于病毒复制是必要的。目前正开发许多核苷抑制剂(NI)和小分子非核苷抑制剂(NNI)。NI通过与用于在活性位点结合的RdRp的天然底物(三磷酸核糖核苷)竞争来发挥作用。NNI别构性地结合并由非-竞争性机理抑制RdRp活性。NNI可还被分组为基于它们的化学结构和靶结合位点相区别的几个亚类。对特定RdRp抑制剂的抗性已被报道与位于该酶内、通过改变RdRp结构(例如，NNI)或通过改善RdRp区别抑制剂和天然底物的能力(例如，NI)来限制抑制剂结合的某些氨基酸突变有关。

尽管几种目前可利用的抑制剂已显示在抑制病毒复制方面是有效的，它们因具有快速突变速度(导致该药物施用给感染的个体后快速出现对抗病毒药剂治疗剂的易感性降低的突变HCV)而易受病毒抗性发展的影响。这种对特定药物的易感性降低致使用该药物治疗对于所述被感染个体无效。由于此原因，医师能监测药物易感性以便为各HCV感染个体确定最适当的治疗方案是重要的。

因此，对于可以用于有效且准确地测定对靶向HCV多肽的药物的易感性的方法和组合物有需求。期望的方法和组合物会有助于评估(a)HCV抑制剂易感性的天然变化和/或(b)会表示HCV抑制剂抗性群的出现和存留或衰变的预处理、处理中和处理后抑制剂易感性的差异。也需要可用于评价HCV群的相对复制能力(RC)的方法。由本发明满足这些和其他需求。

【发明概述】

本申请提供用于有效且准确确定混合的丙型肝炎病毒(HCV)群对HCV抑制剂的易感性的方法和组合物。