[发明专利]组织浸润淋巴细胞的检测和测量

说明书

交叉引用

本申请要求2011年12月13日提交的共同未决的美国临时申请第61/570,192号的优先权，该申请通过引用以其整体并入本文。

发明背景

浸润至受疾病影响的组织如实体瘤内的不同淋巴细胞亚组的数目和比率通常与疾病的预后有关，例如Deschoolmeester等人,BMC Immunology,11:19(2010)；Ohtani,Cancer Immunity,7:4(2007)；Yu等人,Laboratory Investigation,86:231-245(2006)；Diederichsen等人,Cancer Immunol.Immunother.,52:423-428(2003)；等等。遗憾的是，使用诸如免疫组织化学或流式细胞术等可用技术测量这些量是困难的、劳动密集的，并且不适于日常开展。

另外，随着DNA测序的每个碱基成本的下降，大规模DNA测序在诊断和预后应用中的使用受到越来越多的关注。例如，编码诸如T细胞或B细胞受体等免疫分子或其组分的核酸谱包含大量关于生物体的健康或疾病状态的信息，因此已经提出使用此类谱作为众多状况的诊断或预后指标，例如，Faham和Willis,美国专利公开2010/0151471；Freeman等人,Genome Research,19:1817-1824(2009)；Boyd等人,Sci.Transl.Med.,1(12):12ra23(2009)；He等人,Oncotarget(2011年3月8日)。

如果能够将高通量核酸测序的改进用于提供一种用于测量组织浸润淋巴细胞(TIL)的更方便且更有效的分析，则对于医学和科学领域将是非常有用的。

发明内容

本发明涉及用于测量浸润至实体组织如肿瘤内的细胞如淋巴细胞的数目、水平和/或比率的方法，以及基于此类测量结果作出患者预后。本发明在许多实施和应用中得到例证，其中一些总结如下并贯穿于整个说明书中。

在一个方面，本发明涉及用于鉴别已浸润实体组织的淋巴细胞的方法，该方法包括以下步骤：(a)将来自个体的易获取组织(accessible tissue)的淋巴细胞的样品分选成一个或多个亚组；(b)针对来自所述易获取组织的淋巴细胞的一个或多个亚组中的每一个产生克隆型谱；(c)从实体组织的至少一个样品产生至少一个克隆型谱；以及(d)从它们各自的克隆型检测该实体组织中每个亚组的淋巴细胞。

在另一方面，本发明涉及用于从患者的淋巴细胞浸润至实体瘤的状态来确定预后的方法，其中该方法包括以下步骤：(a)将来自该患者的外周血的淋巴细胞的样品分选成一个或多个亚组；(b)针对来自外周血的淋巴细胞的一个或多个亚组中的每一个产生克隆型谱；(c)从实体瘤的至少一个样品产生至少一个克隆型谱；以及(d)确定所述一个或多个亚组中的每一个的淋巴细胞的数目、水平和/或比率。在一个实施方案中，淋巴细胞浸润至实体瘤的状态是指在实体瘤内选定的功能亚组的淋巴细胞的数目、水平和/或比率。在一些实施方案中，淋巴细胞浸润至实体瘤的状态还可包括这些值在实体瘤内或其附近的空间分布。

本发明的这些以上表征的方面以及其他方面在许多说明性实施和应用中得到例证，其中一些在附图中示出且在随后的权利要求书部分中进行表征。然而，以上概括性内容并非旨在描述本发明的每个说明性实施方案或每个实施。

附图说明

本发明的新颖特征在随附的权利要求书中具体阐述。通过参考以下阐述说明性实施方案(其中利用了本发明的原理)的详细描述和附图，将会获得对本发明的特征及优点的更好的理解，附图中：

图1图解示出了本发明的一个实施方案的步骤。

图2A至图2C示出了用于扩增TCRβ基因的两阶段PCR方案。

图3A显示了确定图2C的PCR产物的核苷酸序列的细节。图3B显示了确定图2C的PCR产物的核苷酸序列的另一实施方案的细节。