[发明专利]NMNAT1突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途

说明书

技术领域

本发明涉及疾病相关突变基因，具体而言涉及利伯先天性黑矇相关突变基因。

背景技术

利伯先天性黑矇(Leber congenital amaurosis，LCA)是一种常染色体隐性视网膜营养不良，其表现为遗传异质性。利伯先天性黑矇是儿童遗传性失明的最常见原因之一1，是一种严重的视网膜营养不良，表现为在出生时或婴儿期低视力和眼震。迄今为止，发现LCA与至少17个基因有关。在20-30％的筛查到的LCA病例中缺乏可辨认的分子病因，表明仍有未被发现的LCA致病基因2-4。现在的临床试验通常通过基因替换寻找分子缺陷，或者对于RPE65和LRAT不足的情况通过口服9-顺式视黄醛绕过代谢阻断。

因此，本领域仍然需要发现LCA相关的基因突变，以及检测相关突变基因的引物、试剂盒和方法。

发明内容

发明人测序了患LCA个体的外显子组，鉴定出NMNAT1基因中的无义突变(c.507G>A,p.Trp169*)和错义突变(c.769G>A,p.Glu257Lys)，发现这种突变基因与LCA有关。

因此，在第一方面，本发明涉及LCA的生物标记物，即突变的NMNAT1基因或NMNAT1蛋白，所述生物标记物是具有选自如下的突变的NMNAT1基因或NMNAT1蛋白：

无义突变(c.507G>A,p.Trp169*)；

错义突变(c.769G>A,p.Glu257Lys)。

在一个实施方案中，本发明的突变NMNAT1基因的序列是具有以下突变的SEQ ID NO:1：

无义突变c.507G>A；和/或

错义突变c.769G>A。

在另一个实施方案中，本发明的突变的NMNAT1蛋白的序列是具有以下突变的SEQ ID NO:2：

无义突变p.Trp169*；和/或

错义突变p.Glu257Lys。

在第二方面，本发明涉及一种检测LCA的方法，所述方法包括检测受试者的NMNAT1基因或NMNAT1蛋白中是否存在突变位点，如果有突变位点，则所述受试者被鉴定为患有LCA或易患LCA，或者其后代会患有LCA或易患LCA，所述突变位点选自如下任一种或其组合：

无义突变(c.507G>A,p.Trp169*)；和

错义突变(c.769G>A,p.Glu257Lys)。

在一个实施方案中，所述检测LCA的方法包括步骤：

提取受试者的DNA样品，

对所述DNA样品进行PCR扩增得到扩增产物，得到NMNAT1基因外显子和外显子/内含子边界，

将上述PCR扩增的扩增产物进行序列测定得到测序结果，

对所述测序结果进行分析，确定NMNAT1基因中是否存在突变位点，如果有突变位点，则所述受试者被鉴定为患有LCA或易患LCA，或者其后代会患有LCA或易患LCA，所述突变位点选自如下任一种或其组合：

无义突变(c.507G>A,p.Trp169*)；和

错义突变(c.769G>A,p.Glu257Lys)。

在一个更优选的实施方案中，PCR使用KAPA2G Robust HotStart(KAPABIOSYSTEMS,Woburn,MA)进行。

在一个更优选的实施方案中，PCR扩增的引物参考人基因组进行设计，例如如下至少一组引物：

SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4；

SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；

SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8；

SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10。

在一个更优选的实施方案中，序列测定是Sanger序列测定。

在一个更优选的实施方案中，序列分析使用Mutation Surveyor program(State College,PA)进行。

在一个实施方案中，NMNAT1蛋白为SEQ ID NO:2的序列表示。

在另一个实施方案中，NMNAT1基因为SEQ ID NO:1的序列表示。

在又一个实施方案中，本发明的检测LCA的方法包括如下至少一组引物扩增的步骤：

SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4；