[发明专利]检测或辅助检测耐多药结核分枝杆菌的乙胺丁醇耐药性试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种检测或辅助检测耐多药结核分枝杆菌的乙胺丁醇耐药性试剂盒。

背景技术

耐多药(MDR)是指结核分枝杆菌至少对利福平(RIF)和异烟肼(INH)两种一线抗结核药物发生耐药。耐多药结核病不仅治疗周期长、药物副作用大，治疗效果差、治愈率低、死亡率高，而且治疗费用高，给病人带来了很重的经济负担。早期快速诊断结核分枝杆菌的耐药性有利于耐多药结核病的治疗和控制。与传统基于固体、液体培养的药敏检测方法相比，基于分子生物学的药敏检测方法(耐药性的分子诊断)具有快速、敏感和成本低的优势。

乙胺丁醇(EMB)是广泛应用的一线抗结核药物,该药通过抑制embB基因编码的阿拉伯糖基转移酶的活性，干扰分枝杆菌细胞壁成分阿拉伯半乳糖的合成。EmbB基因被认为是乙胺丁醇耐药相关基因，其306位密码子(embB306)的突变被认为是乙胺丁醇耐药快速诊断的分子标记。

目前一些商品化的快速诊断产品，例如GenoType MTBDRsl(Hain Lifescience,Germany)和QIAplex TB assay(Genaco)，通过检测embB306单个位点的突变来预测结核菌的耐药性，但是由于不同地区流行菌株的耐药相关基因突变类型和频率不同，这些工具的灵敏度和特异度在不同地区也不同，临床上约有30～70%的乙胺丁醇耐药菌株中能够检测到该位点突变。因此乙胺丁醇耐药性分子诊断的灵敏度需要进一步提高，迫切需要一个能够适用于不同地区的更有效的乙胺丁醇耐药性分子诊断的试剂盒。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种检测或辅助检测耐多药结核分枝杆菌的乙胺丁醇耐药性试剂。

本发明提供的试剂，包括用于检测embB基因中embB354突变位点的产品；所述embB基因的野生型核苷酸序列为序列表中序列4；

所述embB354突变位点为序列表中的序列1自5’末端第1060-1062位核苷酸；所述突变位点的野生型核苷酸序列为GAC，突变型核苷酸序列为GCC。

上述试剂中，所述用于检测embB基因中embB354突变位点的产品包括比对卡和用于扩增包括所述embB354突变位点在内的所述embB基因片段引物对：

所述比对卡上记载含有所述embB354突变位点的片段的核苷酸序列。在本发明的实施例中，该比对卡为A）比对卡，记载如下核苷酸序列（embB354突变位点）：序列表中序列1自5’末端第851-1962位核苷酸，其中，第1060-1062位核苷酸GAC或GCC；第1489-1491位核苷酸CAG；第1216-1218位核苷酸GGC；第916-918位核苷酸为ATG。

上述试剂中，所述含有所述embB354突变位点的片段还含有embB306突变位点、embB406突变位点和embB497突变位点中的至少一种；所述embB306突变位点为序列表中的序列1自5’末端第916-918位核苷酸；所述embB306突变位点序列为ATG、GTG、TTG、ATA、ATC或ATT；所述embB306突变位点野生型核苷酸序列为ATG，突变型核苷酸序列为GTG、TTG、ATA、ATC或ATT；

所述embB406突变位点为序列表中的序列1自5’末端第1216-1218位核苷酸；所述embB406突变位点序列为GGC、AGC、TGC、GAC或GCC；所述embB406突变位点野生型核苷酸序列为GGC，突变型核苷酸序列为AGC、TGC、GAC或GCC；

所述embB497突变位点为序列表中的序列1自5’末端第1489-1491位核苷酸；所述embB497突变位点序列为CAG、AAG、CCG或CGG；所述embB497突变位点野生型核苷酸序列为CAG，突变型核苷酸序列为AAG、CCG或CGG。

在本发明的实施例中，比对卡为B）比对卡，记载如下四组核苷酸序列：

1）序列表中序列1自5’末端第851-1962位核苷酸，其中，第1060-1062位核苷酸GAC或GCC、第1489-1491位核苷酸CAG、第1216-1218位核苷酸GGC、第916-918位核苷酸为ATG（embB354突变位点）；

2）序列表中序列1自5’末端第851-1962位核苷酸，其中，第916-918位核苷酸为ATG或GTG或TTG或ATA或ATC或ATT；第1060-1062位为GAC、第1216-1218位为GGC、第1489-1491位为CAG（embB306突变位点）；