[发明专利]一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法

权利要求书

1.一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤（1），输入基因芯片数据，选择基因ID类型；

步骤（2），整理和使用公共的生物通路数据集，将基因芯片所含基因归属到所属已知的生物通路中；

步骤（3），使用生物通路的网络结构信息和基因芯片的表达信息计算每条生物通路的差异性总得分；

步骤（4），构建随机对照数据，计算每条生物通路的显著性p值；

步骤（5），对计算出的p值进行多假设检验的FDR控制，即对原始p值进行校正；

步骤（6），根据设定的修正后的p值的阈值，判断每条生物通路的显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果。

2.根据权利要求1所述的一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法，其特征在于，步骤（3）中使用生物通路的网络结构信息和基因芯片的表达信息计算每条生物通路的差异性总得分具体包括以下步骤：

（11）将生物通路中的基因映射为网络节点；

（12）计算网络中心性指标；

（13）使用基因芯片数据判断网络节点被差异表达影响的程度；

（14）计算生物通路整体差异性的总得分。

3.根据权利要求2所述的一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法，其特征在于，步骤（12）中所述的网络中心性指标包括三种中心性值向量：

a)度：与网络中某个节点直接相连的节点个数，衡量一个基因调控其他基因的个数，按照网络边的方向，度分为入度和出度；

b)最短路径中间性：衡量经过一个节点的信息流数量，在网络结构中，衡量起枢纽作用的关键基因，定义为，

Cspd(v)=Σs≠v∈VΣt≠v∈Vσst(v)σst,]]>

其中，C_spd(v)是节点v的最短路径中间性的得分，σ_st是节点s到节点t最短路径的条数，σ_st(v)是节点s到节点t经过节点v的最短路径的条数，V是生物通路的网络结构；

c)最大传播距离：衡量节点信息所能传播或者接受的最远距离，在网络结构中，衡量基因所能调控的深度，具有方向性的，记为入最大传播距离和出最大传播距离计算方法为，

Clrin(v)=maxw∈V{d(w,v)},]]>

Clrout(v)=maxw∈V{d(v,w)},]]>

其中，d(w,v)是从节点w开始到节点v结束的最短路径长度，d(v,w)是从节点v开始到节点w结束的最短路径长度。