[发明专利]组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法

权利要求书

1.组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，针对已知并已被收录的HLA等位基因型，其特征在于包括步骤：

Ⅰ、采用高通量测序平台扩增测序得到reads序列片段；

Ⅱ、以最新的IMGT/HLA数据库中包含的HLA等位基因为参考序列，将步骤Ⅰ测序得到的reads序列片段与参考序列采用核酸序列比对工具进行比对，得到比对结果；

Ⅲ、对比对结果进行错配、最佳匹配、长度和/或尾端匹配的多重筛选、过滤优化；

Ⅳ、定义central reads、所有reads的最小测序覆盖深度MCOR、central reads的最小测序覆盖深度MCCR，计算经步骤Ⅲ过滤后每条参考序列的MCOR和MCCR值，并舍弃MCOR小于20且MCCR小于10的参考序列，对余下的参考序列，列出同一HLA基因座位所有的可能组合，包括单一序列的纯合子及两两组合的杂合子，计算每种组合的不同reads的数目，reads数目最多的组合判定为相应的HLA等位基因型，其中central reads指的是在某个给定位点，参与比对的reads在给定位点左边的序列长度与右边的长度之比在0.5~2之间。

2.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于：所述高通量测序平台至少包括Roche 454，Illumina Solexa，Life Technologies Ion torrent PGM。

3.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于：所述核酸序列比对工具至少为BLASTN。

4.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于：步骤Ⅲ中所述错配筛选是指去除比对中含有错配或者空位的比对结果；所述最佳匹配筛选是指只保留比对分值高于一定阀值的比对结果；所述长度筛选包括一剔除外显子长度超过50个碱基而比对长度小于50个比对碱基的比对结果，二剔除外显子长度小于50个碱基但比对长度却小于外显子长度的所有结果；所述尾端匹配筛选是指剔除参考序列只能比对到paired-end read中的一端，与此同时又存在其它参考序列能匹配到其两端的比对结果。

5.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于：步骤Ⅳ中对于纯合子的参考序列，其计算所得reads数目需乘以一经验值1.05。

6.组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，针对新的未被收录的HLA等位基因型，其特征在于包括步骤：

Ⅰ、采用高通量测序平台扩增测序得到reads序列片段，在测序reads长度不能覆盖整个HLA等位基因外显子区域的情况下采用从头拼接方法得到重叠群序列，并保留测序reads长度足以覆盖整个外显子区域的reads序列；

Ⅱ、以最新的IMGT/HLA数据库中包含的HLA等位基因为参考序列，将步骤Ⅰ得到的reads序列或重叠群序列与参考序列采用核酸序列比对工具进行比对，得到比对结果；

Ⅲ、根据序列比对分值最大判定最相近的HLA等位基因型， 并确定其差异，发现新的等位基因型。

7.根据权利要求6所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于：所述高通量测序平台至少包括Roche 454，Illumina Solexa，Life Technologies Ion torrent PGM。

8.根据权利要求6所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于：所述核酸序列比对工具至少为BLASTN。