[发明专利]一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法及应用

权利要求书

1.一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于：包括如下步骤：

（1）获得与需要分析的性状相关的基因片段，确定与所述性状相关的SNP位点及其基因型；

（2）分析所述SNP位点与所述性状直接的关联性，具体计算方法如下：

当所述SNP位点的数量为1时，所述SNP位点与所述性状之间的关联性为所述SNP位点的直接影响力；

当所述SNP位点的数量为2个以上时，所述第i个SNP位点与性状之间的关联性为所述第i个SNP位点的直接影响力和其所有间接影响力之和；

其中，所述某个SNP位点对所述性状的直接影响力为所述性状基于SNP位点的点遗传力的平方根（h_snp）；所述第i个SNP位点通过第j个SNP位点对性状的间接影响力的计算方法为d_ij=r_ijh_j，r_ij为所述第i个SNP位点和所述第j个SNP位点的关联度，h_j为所述第j个SNP位点的直接影响力。

2.根据权利要求1所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于：所述性状基于某个SNP位点的点遗传力（SNP位点变异对性状表型变异的贡献）的估计方法是：其中V_P是性状的表型方差，V_snp为所述某一SNP位点的方差。

3.根据权利要求2所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于：所述某一SNP位点的方差（V_snp）估计方法为：其中n_i为第i种基因型的个数，g_i为某一SNP位点的第i种基因型效应。

4.根据权利要求3所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于：所述某一SNP位点的第i种基因型效应（g_i）的估计方法为：构建线性模型，将通过分子生物学方法获得的某一SNP位点的第i种基因型效应作为固定效应（g_i）纳入模型中，并为模型设立约束条件，构建线性模型是：

yijkl=μ+ΣiΣjgij+ΣFk+eijkl,]]>Σjnijgij=0]]>和∑n_kF_k=0

其中，y_ijkl是性状的测定值，μ是群体均数，g_ij是第i个SNP位点的第j种基因型效应，F_k是其它因子的效应，e_ijkl是误差，n_ij是第i个SNP位点的第j种基因型个数，n_k是其它相应因子的重复数，模型约束条件为∑n_ig_i=0和∑n_kF_k＝0。