[发明专利]基于候选肽段区分度标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法

权利要求书

1.一种基于候选肽段标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于包括如下步骤： 

（1）虚拟酶解蛋白质数据库序列，并根据肽段的质量数对酶解后的肽段建立肽段数据库和肽段数据库索引； 

（2）根据待分析实验图谱中母离子的质荷比在步骤（1）所述的肽段数据库中找出符合要求的候选肽段，并对找到的所有候选肽段产生符合要求的理论图谱； 

（3）对待分析实验图谱进行去同位素峰和选取有效峰； 

（4）产生基于候选肽区分度的实验标记图谱； 

（5）统计分析不同区间峰强度区分度，不同区间理论碎片离子和实验图谱质量误差区分度，统计完成后，各区间的值为常量，并计算实验图谱峰与理论图谱匹配峰的碎片离子区分度； 

（6）对每个候选肽段基于实验标记图谱匹配离子的区分度进行打分，选择最高得分的肽段作为此实验图谱鉴定结果，对鉴定结果进行质量控制； 

所述的打分包括匹配离子区分度的打分、连续匹配离子区分度的打分、b，y匹配离子的打分及基于区分度的总打分。 

2.根据权利要求1所述的基于候选肽段标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于： 

步骤（3）中所述的选取有效峰的方法包括如下步骤： 

1）寻找待分析实验图谱m/z的最大值和最小值分别为maxm/z和minm/z； 

2）把m/z坐标从minm/z到maxm/z之间的长度等分成10等份； 

3）按上面的规则等分后每一等份选取20个最高峰即为有效质谱峰； 

4）对每一等份中选取的20个峰进行归一化，即用每个峰除以这一等份的20个峰中的最高峰。 

3.根据权利要求1所述的基于候选肽段标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于： 

步骤（4）中所述的产生基于区分度的实验标记图谱包括如下步骤： 

1）统计每一实验质谱峰匹配候选肽段的数量，用M_i（i=1,2,…,n）表示，在实验图谱上标记每个峰上匹配上肽能够匹配上肽段的个数； 

2）求取肽段匹配个数的平均值：

3）计算每个峰的区分度（i=1,2,…,n），产生基于候选肽段区分度的实验标记图谱。 

4.根据权利要求1所述的基于候选肽段标记图谱的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于： 

步骤（5）中所述的不同区间峰强度区分度的计算方法如下： 

用N(r_j)和用N(e_j)分别表示离子在第j（j=1,2,…,11）个区间上正确匹配和错误匹配的个数，则离子在第j个区间的强度区分度为：（j=1,2,…,11），用I(bj)表示b离子在11个区间的强度区分度，用I(y_j)表示y离子在11个区间的强度区分度，用I(s_j)表示匹配离子在11个区间的强度区分度； 

步骤（5）中所述的理论碎片离子和实验图谱质量误差区分度的计算方法如下： 

用N(r_j)和用N(e_j)分别表示离子在第j（j=1,2,…,10）个区间上正确匹配和错误匹配的个数，则离子在第j个区间的误差区分度为：（j=1,2,…,10），用T(b_j)表示b离子在10个区间的误差区分度，用T(yj)表示y离子在10个区间的误差区分度，用T(s_j)表示匹配离子在10个区间的误差区分度； 

步骤（5）中所述的实验图谱峰与理论图谱匹配峰的碎片离子区分度的计算方法如下： 

将P_j定义为实验图谱峰与理论图谱匹配中第j个匹配峰的离子区分度，p_j=D(m_j)I(s_j)T(s_j)，该区分度是一个概率值；其中，D(m_j)为第j个匹配离子峰区分度，I(s_j)为第j个匹配离子强度区分度，它是该峰强度所处的匹配离子强度区间的区分度；T(s_j)为误差值区分度，该误差区分度是该峰的误差所处的匹配离子误差区间的区分度。