[发明专利]一种同卵双生仔猪快速鉴定方法

说明书

技术领域

本发明涉及的是一种同卵双生仔猪快速鉴定方法。 

背景技术

猪在形态学、生理学和病理学上与人类具有高度相似性，加之样本采集方便可行，是十分理想的生物医学模型。同卵双生仔猪含有完全相同的遗传背景，具有相同的代谢特征、心血管系统以及形状大小相似的组织器官，是生理学、心理学、病理学、遗传学等方面十分宝贵的研究对象。随着分子生物学技术的发展，越来越多的DNA分子标记技术被广泛运用到遗传育种、物种亲缘关系鉴别、基因克隆等方面，但是由于猪的商业化选育导致其外表高度相似，并且属于复杂的多胎动物，鉴定同卵双生仔猪仍然存在较大困难。 

Moore等人在1991年结合PCR（Polymerase Chain Reaction）技术创建了串联重复序列STR（simple tandem repeats）标记技术。STR也称微卫星DNA、简单重复序列SSR(Simple Sequence Repeat)、SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)或者STMS(Sequence-tagged microsatellites)，是由多个碱基组成的基序（motif）串联重复而成的DNA序列。其串联重复的核心序列为1-6bp，其中最常见是双核昔酸重复，即(CA)n和(TG)n，每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。不同的遗传个体其重复次数不同。在猪的基因组当中，每30-46kb间隔就存在一个微卫星DNA序列。SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端的特定短序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小检测DNA的多态性。该技术操作程序较复杂；准确性欠佳；不能实现高通量进行大规模检测。 

SNP标记是美国学者Lander E于1996年提出的第三代DNA遗传标记。SNP是 指同一位点的不同等位基因之间仅有个别核苷酸的差异或只有小的插入、缺失等。从分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测，SNP标记可帮助区分两个个体遗传物质的差异。人类基因组大约每1000bp就出现一次SNP，已有2000多个标记定位于人类染色体。对于SNP的检测可以通过经典的凝胶电泳法以及高通量的检测方法，最佳的检测方法是SNP芯片技术。该技术鉴定成本高，一张定制的猪的SNP芯片的平均报价为5000元人民币；只能识别已知SNP位点；准确度偏低，需要第二种方法验证；多数SNP是二等位基因性的（biallelic），其信息含量低于多等位基因性（多至10个等位基因）的微卫星，不适宜多样本、少数SNP位点的检测。 

发明内容

本发明所要解决的技术问题是针对现有技术的不足提供一种同卵双生仔猪快速鉴定方法。 

本发明的技术方案如下： 

一种同卵双生仔猪快速鉴定方法，采用SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：20所示的10对引物，首先使用1其中的两对引物对1,201个仔猪个体进行毛细管电泳检测，如果同一窝号中的仔猪同时满足这两对引物的毛细管电泳峰值一致，则继续进行下一对引物的检测；如果不能同时满足一对引物的毛细管电泳峰值一致，这样的个体将被直接剔除，不进行下一组引物的检测；以此类推，当同一窝号的两个个体完成五组共十对引物的PCR产物检测，十对引物的毛细管电泳峰值均一致时，才能推断这两个个体是同卵双生的仔猪。 

本发明采用十对优化的带有荧光染料的微卫星标记，建立一种高效、经济、简便的方法鉴定同卵双生仔猪。与此同时，此方法还可以推广到克隆猪的快速有效鉴定，以及猪肉品质安全追溯等生产领域，是一种信价比很高的监测手段。同时本发明将鉴定成本减小到最低；简化操作步骤；提高检测准确性。针对现有技术的不足提供一种经济、简单的可用于同卵双生鉴定、克隆猪鉴定、猪肉质量安全追溯等方面的方法。 

附图说明

图1-图10为十对引物的毛细管电泳峰值图。每对引物展示的是两个个体的检测结果，每组配对的引物（如1A和1B）展示的是相同两个个体的不同荧光检测结果。A组引物检测结果峰值使用的是HEX荧光，B组引物检测结果峰值使用的是FAM荧光。 

图11为同一窝号仔猪的检测步骤；深色柱子代表检测个数，浅色柱子代表经过本组引物检测后被剔除的个体数；被分数是累计剔除率，是用剔除的总个体数除以检测总个体数。