[发明专利]新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用

说明书

本发明公开了一种新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用，短串联重复序列基因座G5S0001，序列如SEQ ID NO.:1所示，用于制备(a)用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；(b)用于个体识别的试剂或试剂盒；(c)用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；(d)用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或(e)用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。短串联重复序列基因座G5S0001区分度高，能够有效地分析遗传关系。

技术领域

本发明涉及一种短核苷酸串联重复序列位点及其应用。

背景技术

短串联重复序列(Short Tandem Repeat. STR)，又称微卫星DNA(microsatellite DNA)，是一类重复单位2-6bp，重复次数10-60，片段长度在400bp以下的DNA串联重复序列；其产生原因是DNA复制过程中滑动，或在复制和修复时滑动链与互补链碱基错配，导致一个或几个重复单位的缺失或插入。STR具有在基因组中分布广泛、等位基因多、杂合度高、分型结果稳定，STR遗传符合孟得尔遗传定律(Koreth, J.,et al. 1996.Microsatellites and PCR ge-nomic analysis.J. Pathol.178: 239-248.)等特点，并且多个STR基因座联合检测时，个体识别力和非父排除率高。因而STR以其遗传多态性等特征，已被作为第二代遗传标记广泛应用于医学个体识别、人类遗传图谱绘制、亲子鉴定、法医物证检验等领域,有效地推动了法医鉴定学从以往物证样本的个体排除向个体识别全面转换。

目前，个体识别的技术主要采用STR-PCR检测,对多个STR基因座联合分型，以确定亲权关系或个体识别等，在实验方法都相对成熟，但在STR基因座的选择上，没有统一标准。国内外生产商提供的检测试剂盒中所用的位点不尽相同。早期欧美选用10个STR基因座加1个性别决定基因(E.A. Cotton, R.F. Allsop, J.F. Guest, R.R.E. Frazier, P.Koumi, I.P. Callow, A.Seager, R.L. Sparkes, Validation of the AmpFlSTR^®SGMPlus™ system for use in forensic casework, Forensic Sci. Int. 112 (2000)151–161.)。后来随着技术发展、数据库增多，比对信息难度加大，STR基因座的选择也在不断改进。现在比较有影响力的数据库CODIS(Combined DNA Index System)是由美国FBI 基于13个STR基因座(D3S1358，vWA，D16S539，D5S818，D7S820，CSF1PO，D13S317，TPOX，D8S1179，D21S11，D18S51，TH01，FGA.)构建,因而现在大多数STR检测试剂盒生产商也在这13个核心基因座的基础上增加或删减一些位点以提高检测效率及准确率(D.J.French,R.L.Howard, N.Gale, T.Brown, D.G.McDowell, P.G.Debenhan, Interrogation ofshort tandem repeats using fluorescent probes and melting curve analysis:Astep towards rapid DNA identity screening.Forensic Science.(2008)333-339)。例如Promega公司的PowerPlex^®16 System试剂盒包括了13个核心基因座，并增加了PentaD、PentaE和AMELO三个基因座；美国ABI公司的AmpF/STR^® Identifiler^® PCR AmplificationKit则是13个核心基因座加上D2S1338、D19S433和AMELO；其公司的另外两款试剂盒AmpFlSTR^®SGM Plus™ PCR Amplification Kit和AmpFlSTR^® Sinofiler^® PCRAmplification Kit也做了相应基因座位点的增减。国内生产类似检测试剂盒的单位也有很多，例如公安部二所推广的DNA Typer ^TM 15，中德美联生物技术有限公司的AGCU EX22STR荧光检测试剂盒,所检测基因座增至22个。