[发明专利]一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合及检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及通过使用一组多重PCR引物组合来对80个SNP遗传标记进行检测，从而实现人类亲子鉴定的检测体系，具体涉及80条上游引物、80条下游引物以及80条单碱基延伸引物的核苷酸序列和检测方法。

背景技术

现代亲缘关系鉴定的方法是DNA分析，即利用人类染色体上的遗传标记来识别两个个体之间是否有血缘关系。有亲缘关系的个体之间，共享相同遗传标记的概率，比没有亲缘关系的个体要大。目前，用于亲子鉴定的遗传标记是第二代遗传标记——短串联重复序列(STR)，它具有分布广泛，易于检测，信息量大，有高度多态性并遵循孟德尔共显性遗传等特点。当利用STR进行亲子鉴定时，一般检测十几个STR位点，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系。但是STR不同等位基因的序列长度相似，区分和判型有一定困难，一般每个PCR反应的判型错误率可达1％～5％(Bonin et al.2004；Weller et al.2004)，判型错误会影响亲子鉴定的准确性和可重复性。

随着科学技术的发展，单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记，越来越多地进入人们的视野。在遗传制图、连锁性分析、疾病基因定位和物种多态性研究等诸多领域中，SNP已经逐渐取代STR，成为首选的遗传标记。相对于STR，SNP在染色体中的分布更为广泛，数量更多，检测方法也更方便可靠。在亲子鉴定领域，SNP分型也可以充分发挥其优势：

1.作为遗传标记，SNP比STR更为稳定。STR序列的突变率高于人类基因的平均突变率，而且STR中存在着多个核心序列重复、核心序列的非整倍重复等现象。SNP则不存在这类问题。

2.SNP检测比STR检测对DNA样本的要求更低，适应更多的特殊环境。SNP是单碱基的变化，在PCR过程中一般只需扩增100bp左右的长度即可完成检测。9.11灾难的遇难人员身份识别，因为很多样本在极端温度与湿度的影响下，其DNA已经降解，很难收集到足够的STR数据，因此有一部分就是利用SNP完成的。

3.相对于STR，SNP的检测更加廉价，且通量更高。美国等发达国家在9.11等事件中的经验表明，利用STR鉴定技术成功识别一个遗体的平均成本可以达到上千美元。而SNP检测技术有望将识别成本减半甚至更低。

4.在鉴定父母与子女这样之间的亲缘关系方面，目前所广泛使用的，十几个位点的STR鉴定系统能够提供充分的信息。但是当鉴定的需求扩充到更远的亲缘关系，比如当一个灾难事故遇难者，只有一个表亲能够提供身份鉴别所需的样本时，这样的STR鉴定就有些力不从心。而SNP位点由于具有远超过STR位点的数量，可以提供更多的信息，理论上能够对很远的亲属关系也提供可信的判定。

综上所述，SNP标记具有稳定性高，测定准确，检测方法简便并且高通量等优点，将其应用于亲子鉴定的前景十分广阔，代表了未来的发展方向。

发明内容

本发明是利用SNP标记高通量、易检测、方便自动化的优点，建立了一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合，该组合可以对80个SNP遗传标记进行检测，从而达到亲缘关系比对和亲子鉴定的目的，并建立了简便、准确、高通量的飞行时间质谱方法，用该组多重PCR引物组合检测SNP遗传标记多态性的技术。

为达到上述目的，本发明的技术方案提供一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合，可对80个SNP遗传标记进行检测，其包含如下表1所示的80条上游引物(核苷酸序列编号依次为SEQ ID NO.1～80)、80条下游引物(核苷酸序列编号依次为SEQ ID NO.81～160)以及80条单碱基延伸引物(核苷酸序列编号依次为SEQ ID NO.161～240)：

表1 80个SNP标记的上游、下游及单碱基延伸引物序列