[发明专利]一种用于利用测序数据将肽映射到蛋白质的计算方法

权利要求书

1.一种用于生物样本的蛋白质组分析的方法，包括：

获取目标列表中的蛋白质的肽序列；以及

通过将所获取的肽序列映射到蛋白质组数据库中的蛋白质上来识别鉴定所述生物样本中的蛋白质，

其中所述目标列表利用所述生物样本中的RNA转录物的信息而被确定所述目标列表，并且/或者所述目标列表利用所述生物样本中的RNA转录物的信息而被确定所述目标列表。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述肽序列利用质谱仪而被确定所述肽序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述映射在所述蛋白质组数据库中的蛋白质子集上被执行所述映射，其中所述蛋白质子集基于所述生物样本中的所述RNA转录物的信息而被选择所述蛋白质子集。

4.根据权利要求1所述的方法，其中将所述被识别鉴定的蛋白质被与所述RNA转录物的信息进行比对检查，以去除与所述RNA转录物中的任何信息都不相对应的蛋白质。

5.根据权利要求1所述的方法，其中将所述被识别鉴定的蛋白质被与所述RNA转录物的可信指数进行比对检查。

6.根据权利要求15所述的方法，其中所述可信指数通过包括以下步骤的过程被获取所述可信指数：

(i)将所述RNA转录物中的每一个种与根据所述RNA转录物预测的蛋白质聚集集合体表达水平相关；

(ii)将所述RNA转录物中的每一个种与从蛋白质组测量结果得到的聚集集合体蛋白质相关；以及

(iii)基于对来自步骤(i)的相关结果和来自步骤(ii)的相关结果的比较，得到针对所述RNA转录物的可信指数。

7.根据权利要求1所述的方法，其中使用所述生物样本中的所述RNA转录物的信息被用于确定所述目标列表，并且所述目标列表还基于生物系统的信息而被确定所述目标列表。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物系统的信息包括在两种条件下蛋白质的差分差异表达的信息。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述蛋白质的差分表达通过二维凝胶电泳或者通过质谱仪分析而被识别鉴定所述蛋白质的差分表达。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA转录物的信息包括信使RNA(mRNA)转录物的信息。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述映射在所述蛋白质组数据库中的蛋白质子集上被执行所述映射，其中所述蛋白质子集基于所述生物样本中的所述mRNA转录物的信息而被选择。

12.一种用于生物样本的转录组分析的方法，包括：

执行蛋白质组分析以获取包括所述生物样本中的蛋白质的身份和相对丰度的蛋白质组数据；以及

利用所述蛋白质组数据设计转录组或基因组研究，其中所述蛋白质组数据被用于根据DNA文库设计序列富集或者设计DNA微阵列。