[发明专利]神经胶质瘤分子分型基因群及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及神经胶质瘤分子分型基因群及其应用，主要涉及功能基因组学的肿瘤相关基因表达谱的研究和标志基因群的筛选及验证，即在人功能基因组范围内筛选神经胶质瘤的分型标志基因群，根据这些基因的mRNA表达水平对神经胶质瘤样本进行分型诊断，可预测患者预后。 

技术背景

神经胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发性肿瘤，是人类健康的重大威胁。大多数高度恶性胶质瘤患者，生存期仅为1-2年。低度恶性胶质瘤最终将发展为高度恶性胶质瘤，但其进展快慢存在巨大的个体差异。目前仍不清楚低度恶性胶质瘤进展快慢的本质原因，并且，至今未能发现有效的神经胶质瘤治疗靶点。 

疾病的诊断是治疗方案研究和制定的重要依据。目前对于神经胶质瘤的诊断仍主要建立在形态学基础之上。但胶质瘤在形态学上的异质性，以及医生诊断过程中的主观性差异，诊断的不一致性可达30%-40%，对相当一部分神经胶质瘤无法进行明确的形态学诊断。并且，基于形态学的诊断不能准确反映疾病的本质特征。因此，现有的形态学诊断标准较大地制约了胶质瘤的临床治疗研究。近年来，基于基因表达的分型方法为胶质瘤的诊断开辟了新的思路。分子分型方法为揭示胶质瘤发生和发展的细胞学和遗传学本质提供了可能，可极大地促进胶质瘤的靶向治疗研究。但目前，全世界范围内尚缺乏有效的基于基因表达的神经胶质瘤临床诊断方案。 

发明内容

本发明的一个目的是提供一种预测或辅助预测神经胶质瘤患者预后生存期的试剂盒。 

本发明提供的试剂盒，包括用于检测待测神经胶质瘤患者离体样本中PM基因群和EM基因群中的各个基因的表达量的试剂和比对卡； 

所述PM基因群由如下39个基因组成： 

C10orf18、C1QL1、C1orf106、C9orf140、CACNG4、CHD7、CSNK1E、EIF4EBP2、ETV1、FAM5C、KLRC3、LIX1L、LOC283174、LPHN3、LPPR1、MARCKS、MEX3A、MMP16、MYT1、NAV1、NLGN1、NOVA1、NXPH1、OLIG1、OLIG2、PATZ1、PCGF2、PDGFRA、POLR2F、RFX7、SOX4、SOX6、SOX8、TACC2、TMCC1、TSHZ1、ZEB1、ZNF22、ZNF462； 

所述EM基因群由如下29个基因组成： 

ACSS3、CDKN2C、DENND2A、DMRTA2、EGFR、ELOVL2、HS3ST3B1、ITGB8、 LFNG、NCOA3、NES、NFIA、PDGFA、PMS2P11、POU3F2、PRPF31、RNF180、SALL1、SEC61G、SEMA6D、SHOX2、SNX5、SOCS2、SOX9、TNFRSF19、TRIOBP、UHRF1、VAV3、ZNF558； 

所述比对卡记载如下内容： 

若所述待测神经胶质瘤患者离体样本中所述PM基因群平均表达量大于或等于所述EM基因群平均表达量，则所述待测神经胶质瘤患者的预后生存期超过或候选超过1.9年； 

若所述待测神经胶质瘤患者离体样本中所述PM基因群平均表达量小于所述EM基因群平均表达量，则所述待测神经胶质瘤患者的预后生存期不超过或候选不超过1.9年。 

上述试剂盒中，所述比对卡记载如下内容： 

若所述待测神经胶质瘤患者离体样本中所述PM基因群平均表达量大于所述EM基因群平均表达量，则所述待测神经胶质瘤患者的预后生存期为或候选为3.7-4.9年（欧美人，具体为美国REMBRANT神经胶质瘤大型数据库）或2.3-2.7年（亚洲人，具体为2006-2009年北京天坛医院所收治的神经胶质瘤病例，中国脑胶质瘤基因组图谱计划http://jzl.dajiankang.com/portal.php）； 

若所述PM基因群平均表达量等于所述EM基因群平均表达量，则所述待测神经胶质瘤患者的预后生存期为或候选为1.9-3.0年（欧美人，具体为美国REMBRANT神经胶质瘤大型数据库）或1.9-2.5年（亚洲人，具体为2006-2009年北京天坛医院所收治的神经胶质瘤病例，中国脑胶质瘤基因组图谱计划http://jzl.dajiankang.com/portal.php）；