[发明专利]基于推进式决策树的中药成分及化合物肝毒评价系统无效
申请号: | 201310344934.2 | 申请日: | 2013-08-09 |
公开(公告)号: | CN104346513A | 公开(公告)日: | 2015-02-11 |
发明(设计)人: | 朱永亮;叶立;王新洲;叶祖光;金若敏;姚广涛;刘敬阁;钱向平 | 申请(专利权)人: | 苏州润新生物科技有限公司 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 215123 江苏省苏州市*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 推进 决策树 中药 成分 化合物 评价 系统 | ||
1.一种基于推进式决策树算法的中药成分及化合物肝毒评价方法,其特征在于:
(1)构建模型的肝毒基础数据既含有西药化合物,又含有中药成分;
(2)采用了重采样算法结合随机森林算法选择出最优中药成分及化合物描述符集,用作中药成分及化合物的化学表征并用于构建中药成分及化合物肝毒预测模型,所述描述符包括拓扑指数、信息指数、Burden特征值和组成参数等方面;
(3)使用改进的推进式决策树算法对训练集中药成分及化合物的肝毒毒性数据及其相应化学表征进行数据挖掘,得到中药成分及化合物肝毒预测模型;
(4)使用改进的推进式决策树算法使用php语言开发模块化的中药成分及化合物肝毒毒性预测程序。
2.一种基于推进式决策树算法的中药成分及化合物肝毒评价系统,其特征在于,所述预测系统至少包括:
(1)输入模块,用于输入中药成分及化合物的名称或(和)化学结构;
(2)输出模块,用于计算过程信息的显示,以及预测结果汇总和输出;
(3)存储模块,用于存储、读取和管理计算机程序文件、中药成分及化合物结构文件、活性数据文件、配置文件、临时文件和历史文件;
(4)中药成分及化合物结构数据库:用于存储和管理中药成分及化合物的各种名称和2维结构数据;
(5)中药成分及化合物肝毒数据库,用于存储和管理肝毒毒性的中药成分及化合物,包括其标准名称、肝毒属性和实验条件等,数据来自美国食品药品监督管理局的Liver Toxicity Knowledge Base(LTKB)所含有的286个化合物数据(221有肝毒和65无肝毒)和62个文献收集的已知肝毒活性的中药成分数据作为训练集(共348个中药成分或化合物)等;
(6)中药成分及化合物毒性预测模块,用于评价预测待测中药成分及化合物肝毒性质;
(7)数据处理模块,用于连接上述各个模块,实时管理数据流向,是系统核心模块;
上述数据库信息将不定时更新添加新的中药成分或化合物。
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G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用